Lediga jobb Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi i Uppsala

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Professor Lindblad-Tohs forskning ligger inom en stark forskningsmiljö vid medicinska fakulteten på Uppsala universitet och SciLifeLab.

Gruppen har fokus på att använda komparativ genomik och genetik för att förstå komplexa sjukdomar, såsom cancer, immunologisk sjukdom och neuropsykiatriska sjukdomar. För att uppnå detta mål använder vi sekvenseringsdata från patienter och friska individer för att hitta sjukdomsassociationer i både hund och människa. Vi sekvenserar också många däggdjur för att förstå vilka bitar av människans arvsmassa som har en viktig funktion.

Just nu har vi ett antal stora dataset som behöver analyseras, t. ex. resekvenseringsdata för flera immunologiska sjukdomar i människa. Dessutom finns GWAS-data för cancer, atopi och renal dysplasia. Vi letar efter en innovativ, energisk och samarbetsvillig person, som kan jobba som del av ett team för att slutföra flera av dessa projekt.

Arbetsbeskrivning: Den som anställs kommer att arbeta med många olika tekniker inklusive GWAS i hundar och associationsanalys för flera immunologiska sjukdomar där både kodande och regulatoriska delar av 1,900 kandidatgener studeras. Associationsanalyser både med individuella SNPar och aggregerande associationsmetoder kommer att användas. Identifierade loci kommer att annoteras djupare med hjälp av ytterligare finmappning, expressionsdata och andra typer av funktionella genomikdata. Du kommer även att planera och utföra funktionella experiment inklusive EMSA och “luciferase assays” tillsammans med kollegor på labbet. Du kommer att kommunicera och ha regelbundna möten med gruppledare och kollegor samt med internationella samarbetspartners efter behov. Du väntas även presentera data på gruppmöten. Viss undervisning kan också ingå.

Kvalifikationskrav:

- Doktorsexamen i genomik, matematik, bioinformatik, computer science, statistik, genetik, eller relaterad disciplin. 

- Gedigen erfarenhet av datoranalys av genomik eller andra biologiska data, dokumenterad genom medförfattarskap på publicerade artiklar.

- Erfarenhet av programmering i flera språk inklusive R

- Förmåga att analysera och tolka data från storskalig sekvensering inklusive populationsbaserad WGS och WES, RNA-seq och ChiP-seq är önskvärd.

- Tidigare erfarenhet av data mining och integration är högst önskvärd, inklusive visualisering och tolkning av komplexa dataset.

- Erfarenhet av att använda high performance computing cluster och av att arbeta med human genomik data sets (inkl. Ensembl, NCBI, UCSC, HapMap, GEO, ArrayExpress, 1000 genomes) är positiv.

- Innovativt och kreativt tänkande

- Förmåga att arbeta både som del av ett team och individuellt, organisera arbetet effektivt och prioritera arbetsbördan.

- Förmåga att presentera data tydligt vid vetenskapliga möten

- Vilja att både ta och ge kritik på ett konstruktivt sätt.

- Utmärkt förmåga att tala och skriva på engelska.

Behörighetskrav: Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast för en period av två år.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Kerstin Lindblad-Toh, [email protected].

Välkommen med din ansökan senast den 7 oktober 2019, UFV-PA 2019/2754.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS (http://nbis.

se) främjar svensk livsvetenskaplig forskning genom att tillhandahålla bioinformatisk expertis och programmeringskompetens till forskare. Över 60 experter finns anställda vid de större universiteten i Sverige där de bidrar med spetskompetens inom ett flertal områden som genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik och statistik. NBIS utgör också bioinformatikplattformen på SciLifeLab (http://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna. Genom nära samarbete med de dataproducerande faciliteterna och med ledande forskargrupper har NBIS enastående möjligheter att erbjuda bioinformatiska analyser av högsta klass.

NBIS söker nu en ny medarbetare som ska stödja svenska forskare med sekvens-baserad bioinformatik. Positionen är placerad vid Uppsala Universitet i Navet, SciLifeLabs Uppsala-nod. I denna kreativa miljö finns över 30 bioinformatiker, flera core-faciliteter och många olika forskargrupper representerade. Navet är en perfekt plats för bioinformatiker som vill öka sina kunskaper, med många kunniga kollegor att diskutera med och kurser och seminarier regelbundet tillgängliga.

Arbetsbeskrivning: Arbetet kommer att fokusera på betald bioinformatisk support till svenska forskare. Arbetsuppgifter kommer att inkludera analyser av uttrycksdata (RNA-seq), men kan också beroende på sökandes kompetens inkludera annan sekvensbaserad bioinformatik, eller programmering. Ansvarsområden inkluderar analyser av data, kundkommunikation, eget lärande om nya metoder, rapportskrivande och undervisning.

Kvalifikationskrav: Vi söker en bioinformatiker med gedigen erfarenhet av sekvens-baserad bioinformatik, framförallt inom RNA-seq baserade uttrycksstudier. Erfarenhet av single-cell RNA-seq ses som extra positivt. Goda kunskaper i R är nödvändigt, likaså god förmåga att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö. Vidare krävs god förmåga att arbeta i en serviceinriktad miljö, både i samarbete och självständigt. Utmärkt talad och skriven engelska krävs. Utmärkt kommunikationsförmåga är nödvändigt, eftersom innehavaren av denna tjänst kommer att samarbeta med forskare från mycket olika bakgrund. Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet såsom flexibilitet, kunna hantera arbetstoppar, förmåga att både samarbeta och arbeta självständigt.

Önskvärt/meriterande: En doktorstitel i bioinformatik, molekylärbiologi, datavetenskap eller liknande är meriterande, men personlig lämplighet och erfarenhet av RNA-seq baserade uttrycksstudier rankas högre. Kunskap i ett eller flera skriptspråk (python/perl) ses som positivt.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tillsvidare. 6 månader provanställning tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar: För allmänna frågor om NBIS, kontakta Professor Bengt Persson, [email protected]. För mer specifika frågor om arbetsuppgifter kontakta Dr. Henrik Lantz, [email protected].

Välkommen med din ansökan senast den 14 oktober 2019, UFV-PA 2019/2896.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för Medicinsk Biokemi och Mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala Universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.

Institutionens forskning utförs inom de tre övergripande domänerna Biokemi & Molekylär Cellbiologi, Genomik, och Mikrobiologi & Immunologi.

Jenny Hesson (Åke Lundkvists grupp) söker en motiverad person med ett stort intresse av att doktorera inom ämnet mikrobiologi vid IMBIM, Uppsala Universitet. Projektet inom forskarutbildningen fokuserar på att utforska hur tre humanpatogena myggburna virus - japanskt encefalitvirus (JEV), Usutuvirus (USUV), och Sindbisvirus (SINV) - cirkulerar i naturen.

Projektsammanfattning och arbetsuppgifter: Trots att JEV orsakar en omfattande sjukdomsbörda är mycket lite känt om dess transmissionsdynamik. De flesta studier genomfördes för mer än 30 år sedan och är därav oftast baserade på mer primitiva laboratorietekniker än vad som finns tillgängliga idag. På samma sätt som för många andra arbovirus är övervintringsmekanismerna för JEV i tempererade områden fortfarande olösta och projektet syftar till att kartlägga dessa mekanismer i detalj. Huvudfokus kommer att vara JEV, men för vissa frågeställningar kommer vi också att använda liknande metoder och experimentella upplägg för ett närbesläktat virus (USUV) som finns endemisk i södra Europa, samt för SINV, vilket är det enda humanpatogena myggburna viruset i Sverige. Projektet innehåller fylogeografiska, ekologiska, bioinformatiska och molekylärvirologiska, såväl som experimentella delmoment (med vildfångade och koloniserade mygg). Vidare kommer månadslånga fältstudier i Vietnam att ingå i doktorandprojektet.

Kvalifikationer: Magisterexamen eller motsvarande, med fokus på ekologi, infektionsbiologi, mikrobiologi eller bioinformatik är ett krav. Vi letar efter en kandidat med gedigen basal biologisk/ekologisk kunskap samt gärna laborativ erfarenhet inom mikrobiologi. God kunskap i statistik uppskattas. Mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska är ett krav. Kandidatens personliga egenskaper så som samverkan och kommunikationsförmåga samt analytisk förmåga kommer att beaktas. Kandidaten förväntas ta egna initiativ såväl som att samarbeta med nationella och internationella kollegor både inom och utanför gruppen.

Bedömning sker enligt följande kriterier: uppfyllande av behörighetskrav, betyg på kurser, hur väl kurserna passar projektet, samt tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom områden som relaterar till projektet enligt beskrivningen ovan. En sammantagen bedömning görs för att anställa den person som anses mest lämpad att klara doktorandstudierna och bidra till en positiv utveckling av programmet och forskargruppen.

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till forskarutbildning, där graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning är avgörande. Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagningsbestämmelser finner du på http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/. Studietiden (på heltid) är maximalt fyra år. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap 1-7 §§.

Innehavare av doktorandanställning skall främst ägna sig åt egen forskarutbildning. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser utbildning och administrativt arbete, kan ingå inom ramen för anställningen (max 20%).

Ansökan mottages via Uppsala Universitets ansökningsportal och förväntas innehålla CV, relevanta publikationer (artiklar, examensarbeten eller liknande), ett personligt brev där du beskriver dig själv, dina kunskaper, forskningsintresse, och varför du vill göra din forskarutbildning just inom detta projekt, samt namn och e-post/telnr till två referenspersoner.

Uppsala Universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander).

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar: kontakta Jenny Hesson, mailto:[email protected] eller Åke Lundkvist, mailto:[email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 26 april 2019, UFV-PA 2019/1189.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre