Lediga jobb som Bioinformatiker i Uppsala

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

SNP&SEQ;-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 400 Terabaser data. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ;:s verksamhet finns att läsa på: https://www.uu.se/forskning/snpseq

SNP&SEQ; strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Vill du vara en del av den senaste forskningen inom sekvenseringsteknologi och bioinformatik?

Som projektkoordinator vid vår teknologiplattform får du möjligheten att arbeta i ett av Europas största och mest avancerade sekvenseringscenter i en dynamisk och kreativ miljö. Vi söker nu en engagerad medarbetare med erfarenhet av bioinformatiska analyser av NGS-data, som vill bidra till att bredda vår kompetens och stärka vår grupp av projektkoordinatorer.

Arbetsuppgifter:
Som projektkoordinator är du en central länk mellan vår verksamhet och dess uppdragsgivare. Du kommer bland annat att:

Delta i planeringsmöten för nya projekt och utarbeta projektdesign i samarbete med forskare. Diskutera provkvalitet och förväntningar på genererade data. Delta i felsökning och kvalitetskontroll, samt göra sammanställningar och statistiska analyser av genererat sekvenseringsdata. Ha löpande kontakt med uppdragsgivare för att rapportera projektstatus och resultat. Sammanställa underlag för fakturering och säkerställa smidig projektkoordinering. Hålla dig uppdaterad om de senaste metoderna och protokollen genom litteratur, seminarier, konferenser och dialog med forskare och andra SciLifeLab-verksamheter. Delta i undervisnings- och marknadsföringsaktiviteter, inklusive föreläsningar om sekvenseringsteknologier och applikationer på master- och PhD-program.

Rollen innebär nära samarbete med projektkoordinatorer både inom den egna verksamheten och vid NGIs övriga noder i Stockholm och Uppsala.

Kvalifikationskrav
Vi söker dig som är strukturerad, flexibel och trivs med att hantera flera projekt samtidigt. Du har en stark kommunikativ förmåga och tycker om att arbeta serviceinriktat.

Masterexamen inom genetik eller biologi med inriktning mot bioinformatik. Gedigen kunskap om NGS-teknologier. Dokumenterad erfarenhet av analys av storskalig sekvenseringsdata (exempelvis helgenom-, exon- eller RNA-seq-data) från flera olika organismer Erfarenhet av felsökning och kvalitetskontroll, samt bioinformatiska och statistiska analyser av sekvenseringsdata. Erfarenhet av datorkluster för storskaliga beräkningar eller dataanalys. Mycket goda kunskaper i engelska, både skriftligt och muntligt. Goda kunskaper i svenska, både skriftligt och muntligt. Tidigare erfarenhet av att organisera marknadsföringsaktiviteter, workshops och konferenser.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Doktorsexamen inom genetik eller biologi med inriktning mot bioinformatik.

- Erfarenhet från laborativt arbete med DNA och RNA.
- Erfarenhet av arbete i ackrediterad miljö
- Erfarenhet av arbete och dokumentation i LIMS (laboratory information management system).
- Tidigare erfarenhet av service och användarstöd inom forskningsinfrastruktur.

Om anställningen 
Anställningen är ett tidsbegränsat vikariat 1 år. Omfattningen är heltid. Tillträde  enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Gruppchef för laboratoriet vid SNP&SEQ;-teknologiplattformen Johanna Lagensjö, [email protected] eller Enhetschef för SNP&SEQ;-teknologiplattformen, Ulrika Liljedahl, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 31 januari 2025, UFV-PA 2025/120

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Vill du vara med och utveckla genetisk precisionsdiagnostik?
Vi söker en till tre bioinformatiker för att driva utveckling av bioinformatiska analyser för translationell forskning och för avancerad genetisk diagnostik inom sjukvården.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och det teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Arbetsuppgifter:
Faciliteten söker en till tre bioinformatiker på heltid för att delta i utvecklingen av analyser riktade mot cancer och ärftliga sjukdomar. Arbetsuppgifterna definieras utifrån kompetens och intresse, men kommer att vara inriktade mot utveckling och underhåll av diagnostiska analyser vid olika cancersjukdomar eller ärftliga sjukdomar. Analyserna inkluderar helgenomsekvensering, helexomsekvensering, transkriptomsekvensering samt breda genpaneler för detektion av genetiska varianter som påverkar diagnos, prognos och behandling utifrån diagnosprov eller uppföljningsprov. De flesta analyserna görs på short-read data, men flera projekt använder long-read sekvens. De sökande kommer att vara inblandade i kontinuerlig utvärdering, utveckling och automation av robusta bioinformatiska analyser för kliniskt bruk. En del av uppdraget kommer att omfatta arbete med effektiv datahantering, automation och visualisering för att skapa effektiva dataflöden och för att underlätta klinisk tolkning och rapportering. Vi ser även positivt på sökande som är intresserade av arbetsuppgifter som omfattar databashantering och mjukvaruutveckling eftersom vi kontinuerligt strävar efter att utveckla enhetens analyser, IT-infrastruktur och arbetssätt. Vår pipelineutveckling sker framförallt med Python och Snakemake och den sökande kommer i sitt arbete ha möjlighet att bidra till projektet Hydra genetics (https://github.com/hydra-genetics/hydra-genetics).  


Kvalifikationskrav:
- Mastersexamen i ämne med anknytning till tjänsten t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält. 
- Grundläggande kunskaper om genetisk variation och dess påverkan på hälsa
- Dokumenterad förmåga inom ett eller flera scriptspråk (t ex Python/Bash/Perl)
- Erfarenhet av att arbeta med NGS i linuxmiljö på beräkningskluster
- Kännedom om git, conda och pipelineverktyg som Snakemake eller Nextflow
- Erfarenhet av containermjukvara, Singularity (Apptainer)/Docker/Podman 
- Grundläggande kunskaper om databashantering
- God förmåga att kommunicera på svenska och engelska
Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt
Doktorsexamen inom bioinformatik, genetik eller liknande fält är meriterande. Vi ser gärna sökande med erfarenhet av att arbeta med cancergenetik, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik. Speciellt tidigare erfarenheter av att implementera bioinformatiska analyser med fokus på CNV och/eller SV-detektion är meriterande, liksom erfarenhet av att interagera med klinisk laboratoriepersonal. Tidigare erfarenheter av automatiseringssystem (t.ex Stackstorm) är också meriterande. Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i både tal och skrift önskvärt.

Efter en kvalitativ helhetsbedömning av kompetens och skicklighet kommer den sökande att väljas som bedöms ha de bästa förutsättningarna att genomföra och utveckla aktuella arbetsuppgifter samt bidra till att utveckla verksamheten.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Malin Melin, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 8 november 2024, UFV-PA 2024/3586.



Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på ”Ansök här” eller se Uppsala universitets hemsida: https://uu.se/jobb/



Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

SNP&SEQ;-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 50 000 prover och genererar mer än 350 Terabaser data. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ;:s verksamhet finns att läsa på: https://www.uu.se/forskning/snpseq

SNP&SEQ; strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Om du har en stark bakgrund inom bioinformatik, erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata och en önskan att vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team är du välkommen med din ansökan. För ett vikariat söker vi nu en erfaren bioinformatiker för att arbeta med att utveckla, underhålla och tillämpa såväl befintliga som framtidens verktyg för bioinformatikanalyser i vår verksamhet.

Arbetsuppgifter
Dina arbetsuppgifter kommer bland annat att omfatta följande:

- Utveckla och implementera dataverktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser.
- Analysera data från interna valideringar av nya laboratoriemetoder, bioinformatiska verktyg och interlaborativa jämförelser, samt delta i att skriva rapporter baserade på resultaten.
- Delta i projektplaneringsmöten med uppdragsgivare och där bidra med kompetens kring bioinformatiska frågeställningar.
- Kvalitetskontroll och primära bioinformatiska analyser av sekvens- och genotypdata i service-projekt.
- Samarbete med UPPMAX, andra SciLifeLab-verksamheter och andra aktörer med likvärdig verksamhet.

Kvalifikationskrav

- Universitets- eller högskoleexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, genetik eller liknande område.
- Minst två års dokumenterad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik.
- Goda kunskaper i bioinformatik inom genomik och storskalig sekvensering (NGS).
- Goda programmeringskunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
- God vana av arbete i linuxmiljö och i HPC system.
- Erfarenhet i användning av Git.
- God förmåga att hantera och prioritera uppgifter effektivt.
- God förmåga att identifiera och lösa problem under dataanalys självständigt.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Vi söker en person som är utåtriktad, initiativtagande, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

- Doktorsexamen inkluderande bioinformatik med fokus på genomik, genetik eller liknande område.
- Erfarenhet av användning av Nextflow.
- Erfarenhet av arbete i en forskningsnära servicefacilitet.
- God förståelse för hur preanalytiska och laborativa metoder kan påverka datakvalitet.
- Kvalitetskontroll och analys av storskalig genotypningsdata.
- Vana att arbeta i ackrediterad miljö (eller annan motsvarande reglering).
- God förståelse av informationssäkerhet och GDPR
- Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Om anställningen 
Anställningen är ett tidsbegränsat vikariat 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, [email protected], Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ;, [email protected]


I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen.

Välkommen med din ansökan senast den 17 juni 2024, UFV-PA 2024/2054.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Vill du arbeta med bioinformatikanalys, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som Bioinformatiker på Uppsala universitet.

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; https://nbis.se) är en stor och snabbt växande nationell infrastruktur som främjar forskning inom livsvetenskaperna i Sverige genom att tillhandahålla support, infrastruktur och avancerad utbildning inom bioinformatikområdet. NBIS utgör bioinformatikplattformen pa? SciLifeLab (https://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna, och är också? den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologisk information.

Vi behöver nu, under en begränsad tid, förstärka vår kapacitet inom support i vårt team för hälso- och kliniskt forskningsstöd. Teamet arbetar med alla aspekter av bioinformatiska analyser av främst humandata i medicinska och kliniska frågeställningar. De personer som anställs kommer att integreras i ett bioinformatikteam i en spännande forskningsmiljö med många möjligheter till utveckling av nya och existerande färdigheter för att ha?lla sig a? jour med nya sekvenseringsteknologier och andra bioinformatiska utmaningar när de uppstår.  

Arbetsuppgifter
Vi letar efter en expert som primärt kommer att arbeta med bioinformatikanalys av humant transkriptomik- och genomikdata, men också med andra typer av bioinformatiska analyser. Arbetet innefattar att stödja svenska forskare inom detta område, och finansieras delvis med användaravgifter fra?n forskargrupperna. Projekten man deltar i kommer att skifta i komplexitet och längd och kommer med varierande medicinska och kliniska frågesta?llningar.

Ansvarsområden inkluderar att planera, initiera, utföra och rapportera analyser samt kommunicera med forskargrupper samt hålla sig uppdaterad inom fältet och att ibland bidra till avancerad utbildning av svenska forskare inom bioinformatik. Regelbundna interna möten och internutbildning, samt tid för utveckling av egna färdigheter och lärande från en diversifierad grupp av NBIS-kollegor ger förutsa?ttningar för NBIS-bioinformatikerna att utföra högklassiga bioinformatikanalyser.

Arbetet kommer att innebära ett visst mått av resande, eftersom kunskapsutbyte är en viktig del av vår verksamhet för att bibehålla spetskompetens för analys av befintliga och nya datatyper.

Kvalifikationskrav 
Krav för anställningen är att sökanden ska ha: 

- PhD inom något av följande områden: bioinformatik, molekylärmedicin eller ett närgränsande fält som arbetsgivaren bedömer relevant fo?r tjänsten.
- Postdoktoral erfarenhet av att arbeta med bioinformatikanalyser av omik-data.
- Mycket god erfarenhet av arbete (minst 10 år) med avancerade bioinformatikanalyser av transkriptomikdata, genetiska associationsstudier, samt Illumina och Nanopore helgenoms-, metylerings- och RNAseq-sekvenseringsdata, inkluderande pre-processing och statistiska analyser, selektion och visualisering.
- Dokumenterad erfarenhet av arbete (minst 5 år) med inflammatoriska och infektionssjukdomar.
- Erfarenhet (minst 5 år) av att, pa? internationellt konkurrenskraftig nivå, självständigt driva supportprojekt och utföra dataanalys relaterande till omik-data.
- God förmåga att arbeta i ett skriptspråk, såsom R eller Python, med bioinformatik-pipelines speciellt Nextflow, samt att arbeta effektivt i Linux kommandoradsmiljö och på storskaliga datorkluster.
- Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift, samt kommunicera med forskare med olika bakgrunder.
- Mycket god erfarenhet att samarbeta och arbeta i en serviceinriktad organisation.
- Vilja att lära sig nya metoder och ha en förmåga att utveckla nya färdigheter 

Önskvärt/meriterande i övrigt

- Kunskapsöverföring är ett annat viktigt koncept för oss och handledarerfarenhet är starkt meriterande.
- Erfarenhet av arbete med autoimmuna sjukdomar är ytterligare meriterande.
- ”Reproducerbar forskning” och ”FAIR data” är centrala koncept för oss och erfarenhet av relevanta verktyg och metoder är meriterande.

Hänsyn kommer också ges till god samarbetsförmåga, driv och oberoende, samt hur bra sökandes erfarenhet och färdigheter kompletterar och stärker NBIS verksamhet.

Ansökan
Ansökan ska innehålla CV med referenser och ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan bör innehålla examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.). 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Bengt Sennblad, [email protected] 

Välkommen med din ansökan senast den 29 oktober 2024, UFV-PA 2024/3518. 

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Bioinformatiker till NGI Uppsala, SNP&SEQ;
Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

SNP&SEQ;-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 50 000 prover och genererar mer än 350 Terabaser data till våra uppdragsgivare. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ;:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se/

SNP&SEQ; strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är stolta över att vara certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

 

Om du har en stark bakgrund inom bioinformatik, erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata och en önskan att vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team är du välkommen med din ansökan. Vi söker en erfaren bioinformatiker för att arbeta med att utveckla, underhålla och tillämpa såväl befintliga som framtidens verktyg för bioinformatikanalyser i vår verksamhet.

 

Arbetsuppgifter

Dina arbetsuppgifter kommer bland annat att omfatta följande:

- Utveckla och implementera dataverktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser.
- Analysera data från interna valideringar av nya laboratoriemetoder, bioinformatiska verktyg och interlaborativa jämförelser, samt delta i att skriva rapporter med resultaten.
- Delta i projektplaneringsmöten med uppdragsgivare och där bidra med kompetens kring bioinformatiska frågeställningar.
- Bioinformatiska analyser av sekvens- och genotypdata i service-projekt.
- Samarbete med UPPMAX, andra SciLifeLab-verksamheter och andra aktörer med likvärdig verksamhet.

Kvalifikationskrav

- Universitets- eller högskoleexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, genetik eller liknande område.
- Några års dokumenterad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik.
- Goda kunskaper i bioinformatik inom genomik och storskalig sekvensering (NGS).
- Goda programmeringskunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
- God vana av arbete i linuxmiljö och i HPC system.
- Erfarenhet i användning av Git.
- God förmåga att hantera och prioritera uppgifter effektivt.
- God förmåga att identifiera och lösa problem under dataanalys självständigt.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

 

Vi söker en person som är utåtriktad, initiativtagande, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

- Doktorsexamen inkluderande bioinformatik med fokus på genomik, genetik eller liknande område.
- Erfarenhet av användning av Nextflow.
- Erfarenhet av arbete i en forskningsnära servicefacilitet.
- God förståelse för hur preanalytiska och laborativa metoder kan påverka datakvalitet.
- Kvalitetskontroll och analys av storskalig genotypningsdata.
- Vana att arbeta i ackrediterad miljö (eller annan motsvarande reglering).
- God förståelse av informationssäkerhet och GDPR

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, mailto:[email protected] 070-1679451, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ;, mailto:[email protected]


I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen.


Välkommen med din ansökan senast den 6 maj 2024, UFV-PA 2024/1310.

 

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Institutionen för växtbiologi
Fakulteten för naturresurser och jordbruksvetenskap (NJ) vid Sveriges lantbruksuniversitet söker en bioinformatiker som skall ge stöd åt olika forskningsprojekt kopplade till flera framgångsrika forskningsgrupper vid SLU.
Fakultetens uppgift är att bedriva högkvalitativ akademisk forskning och undervisning inom jordbruk och miljö i vid bemärkelse. På fakulteten för naturresurser och jordbruksvetenskap forskar vi brett kring hållbar användning av mark, vatten och biologiska naturresurser.

Den nuvarande positionen ingår i SLU: s bioinformatikinfrastruktur, där alla fyra fakulteter ingår, tillsammans med flera centralt samordnade bioinformatiker (www.slubi.se). Innehavaren av tjänsten kommer att arbeta med forskare inom olika ämnesområden vid NJ-fakulteten och kommer att vara i konstant samverkan med infrastrukturens övriga bioinformatiker. Han/hon kommer att interagera med den Nationella bioinformatikinfrastrukturen i Sverige (NBIS) för att tillsammans och i samarbete med NBIS-experter ge nationell support.

Läs om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Om jobbet
Bioinformatikern kommer att i) tillhandahålla bioinformatikstöd och utbildning för forskare vid NJ fakulteten, ii) utveckla och skapa verktyg och resurser för forskargrupper vid fakulteten, iii) delta i kunskapsöverföring och utbildning av forskare vid SLU och iv) underhålla och installera nödvändig programvara/hårdvara som krävs för att ge bioinformatikstöd.

Din bakgrund 
En framgångsrik kandidat ska ha en doktorsgrad eller motsvarande i bioinformatik eller annat relevant ämne samt dokumenterade färdigheter i dataanalys av NGS data, RNA-Seq, metagenomik sekvensdata, och/eller DNA barcoding. Meriterande är även att ha färdigheter i att och tillhandahållande mjukvarulöningar, databasdesign, och användargränssnitt. Kandidaten måste ha utmärkta färdigheter i datahantering och måste behärska ett eller flera skriptspråk (t ex Python, Perl, R). Erfarenhet av databashantering och Unix systemadministration är väsentlig. Kunskap i statistik är meriterande. Bioinformatikern kommer att interagera med en mängd olika kollegor med olika vetenskapliga bakgrunder och måste därför ha en utmärkt kommunikationsförmåga i både tal och skrift. Stor vikt kommer att läggas vid pedagogisk skicklighet och personlig lämplighet.

Placering:
Uppsala.

Anställningsform:
Tillsvidareanställning. SLU kan komma att tillämpa provanställning.

Omfattning:
100%.

Tillträde:
Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2024-01-08.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen. Visa mindre

Det har nu öppnats upp en möjlighet för dig som vill bli en del av ett snabbt växande Life Science-företag som arbetar mot att främja förståelsen för mänskliga sjukdomar. Hos Olink får du arbeta med världsledande teknik och produkter som bidrar till utvecklingen av precisionsmedicin. Vi söker dig som har tidigare erfarenhet av bioinformatik och som vill utvecklas tillsammans med Olink. Ta chansen och sök jobbet som faktiskt bidrar till att förbättra människors hälsa, vi ser fram emot din ansökan!

OM TJÄNSTEN
Olink har på några år växt från ett litet företag som erbjudit analys av några hundra proteiner, till en NASDAQ-noterad organisation med en stark global närvaro där de nu utför analyser som täcker drygt 5000 proteiner. Deras produkter används inom medicinska områden som hjärt- och kärlsjukdomar, cancer och neurologiska sjukdomar. Under fem år har företaget analyserat mer än en miljon prover och genererat nära 90 miljoner datapunkter för hundratals kunder från både forskningsinstitut och läkemedelsbolag. I rollen som Data Manager kommer du arbeta med dataanalys för att säkerställa att datan som kommer in från laboratoriet uppfyller de höga kvalitetsstandarderna som Olink har. Genom att använda Olinks programvara kommer du genomföra QC-analyser och använda olika programmeringsspråk för att analysera data. En viktig del av arbetsuppgifterna innefattar övervakning av kvaliteten på Explore-körningar, vilket inkluderar att hantera operationell, instrumentell och metodologisk påverkan. Gruppen är starkt sammanknuten med övriga funktioner internt vilket innebär att du får en bred kännedom kring arbetet. Du välkomnas i en ansvarstagande grupp där alla hjälps åt.

Det här är ett konsultuppdrag vilket innebär att du kommer vara anställd av Academic Work och arbeta som konsult hos Olink. Uppdraget kommer att vara på heltid och förväntas pågå ca 6 månader framåt.

Du erbjuds
- Att bli en del av en trygg och spännande organisation där dina initiativ och idéer värdesätts
- Arbete hos en organisation som värdesätter sina medarbetares utveckling högt
- En gedigen introduktion för att ge dig de bästa förutsättningarna att få en bra start

ARBETSUPPGIFTER

Arbetsuppgifter


* Genomföra QC-analyser med Olinks programvara i enlighet med QMS-instruktioner
* Använda programmeringsspråk för dataanalys
* Leverera högkvalitativ analyservice till Olinks kunder inom avtalad tid
* Delta i planeringen av det dagliga QC-arbetet
* Delta i felsökning av Explore-körningar i nära samarbete med Gruppchef, Senior Dataanalytiker och Support
* Återkoppla laboratorieproblem till Gruppchef, Teamledare, Laboratorieledare och Teamkoordinatorer


VI SÖKER DIG SOM
- Har en akademisk utbildning med inriktning mot molekylärbiologi, bioinformatik eller liknande
- Har erfarenhet av bioinformatik sedan tidigare
- Har arbetat i en liknande roll med datahantering och dataanalys tidigare
- Har erfarenhet av att programmera i R
- Är mycket bekväm med svenska och engelska i både tal och skrift

Det är meriterande om du har:
- Arbetat i en liknande roll hos ett Life Science-företag tidigare
- Arbetat i en laborativ roll sedan tidigare
- Erfarenhet av

Som person är du självdrivande, lösningsorienterad och prestigelös. Du har ett logiskt angreppsätt och tar dig an problem ur ett analytiskt perspektiv. Du tar stort ansvar över ditt arbete och du är strukturerad i ditt arbetssätt. Eftersom du kommer att arbeta i team är det viktigt att du besitter en god samarbetsförmåga. Vidare är du nyfiken på att ständigt lära dig nya saker för att utöka din kompetens.

Övrig information
- Start: Omgående (max 1 månads uppsägningstid)
- Omfattning: Heltid, kl.8-17
- Placering: Centrala Uppsala

Vår rekryteringsprocess

Denna rekryteringsprocess hanteras av Academic Work och vår kunds önskemål är att alla frågor rörande tjänsten skickas till Academic Work.

Vi tillämpar löpande urval och annonsen kan därmed komma att tas ned innan sista ansökningsdag om det är så att vi har gått vidare till urvals- och intervjufas. Rekryteringsprocessen innehåller två urvalstest: ett personlighetstest och ett test i kognitiv förmåga. Testerna är ett verktyg för att kunna hitta den kandidat med högst potential för tjänsten samt främja jämlikhet, mångfald och en rättvis rekryteringsprocess.

INFORMATION OM FÖRETAGET
Läs mer om hur Olink presenterar sig på deras hemsida - HÄR! Visa mindre

Who we are

Olink Proteomics is a rapidly growing life science company committed to advancing the understanding of human diseases through proteomics. We are dedicated to innovation, quality, rigor and transparency, providing outstanding solutions and support for human protein biomarker discovery.

The vital role of proteins in understanding human biology has been recognized for many decades, but technological limitations severely restricted the comprehensive investigation of the huge number of proteins that could be important in different biological processes and diseases. With Olink, scientists can now simultaneously measure thousands of human proteins using just a few µL of blood sample, with highly specific, thoroughly validated assays that cover a very wide dynamic range (fg/mL to µg/mL).

In a few years, Olink has grown rapidly from a small, Sweden-based company offering assays for a few hundred proteins, to a NASDAQ-listed organization with a strong global presence, a broad portfolio of flexible protein biomarker solutions and library of high quality, thoroughly validated assays that covers ~3000 proteins.

For more information about Olink, please visit www.olink.com (http://www.olink.com)

Role description

Olink continues to grow, and we are now looking for an additional employee to join the Assay Development team within RnD. If you want to work in a Swedish company with world-leading technology that contributes to the development of precision medicine, you might be the person we are looking for. Assay Development has the main responsibility for testing (screening) antibodies and developing immunoassays for Olink's products. Furthermore, Assay Development works with the development and verification of high-plex products. Product development is carried out in projects with members from other departments.

Assay Development currently consists of 11 people, but since the company is growing rapidly with very exciting things going on, the group needs to be expanded with a Data Analysis Scientist with experience in laboratory work.

Primary Responsibilities

As an employee in the group, your duties will vary across project phases. The main tasks will be to:

Analyze and draw conclusions from large amounts of data, as well as compile and report results both in the form of reports and data logging.

Be involved in planning and reporting of laboratory experiments.

Participate in the development of systems/structures for monitoring results and bio markers.

Act as a support role around data analysis to other people in the team.

Work cross-functionally between departments and RnD groups to apply methods for analysis.

Actively participate in the development of the group's and department's activities and participate in improvement projects.

Qualifications / Skills

-
Phd within the Life Science area, preferably within Bioinformatics.

- A few years of working experience from the industry is highly beneficial.

- Strong skills in data analysis/statistical analysis and technical problem solving.

- Experience in analyzing large data sets and developing analyses in R. Experience in Python and database management is a plus.

- Documented lab experience and extensive scientific and technical knowledge in molecular biology, proteomics/immunology and/or chemistry.

- Experience planning and reporting trials.

- Experience with antibody-based test methods as well as with PCR/qPCR and sequencing is advantageous.

- Good computer skills in general and good knowledge of Excel.

- Experience of working in projects.

- Fluent in spoken and written Swedish and English

As a person you are responsible, driven and solution oriented. As we handle large amounts of data, we value that you are thorough and structured. You are a team player who finds it easy to communicate and interact with others both within the group and with those who work in other departments. It is important that you have a positive attitude and can adapt to changing circumstances, as we have a strong customer focus and are a company in hyper growth.

If this sounds interesting, please submit your CV and personal letter as soon as possible, but no later than 2023.08.07. Please note that the interview process will start after the application deadline. A warm welcome with your application! Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Postdoktor - kartläggning av bakterie-virus interaktioner i människans mikrobiota

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.

Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis interagerande sektioner; cancer, infektioner och immunitet samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på https://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/.

https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Projektbeskrivning
Labbet för humant molekylär ekologi, på IMBIM, Uppsala Universitet och SciLifeLab, som leds av biträdande universitetslektor Luisa W. Hugerth, söker en noggrann och engagerad postdoktor. Forskargruppen undersöker människomikrobiotan, både som utfall av våra livshistorier och som en exponering som påverkar sjukdom och hälsa. Vårt arbete fokuserar mestadels på gynekologi och obstetrik, inklusive mikrobiotans påverkan på könshormoner i blodet. Vårt arbete är huvudsakligen bioinformatisk, med hjälp av både kohorter samlat i samarbete med kliniska samarbetspartners och fri tillgänglig data. Förmåga att vara uppdaterad samt jämföra och selektera metoder inom det snabbt växlande fältet metagenomik är därför avgörande.

Vi söker en kandidat som har bred erfarenhet av arbete med virus i komplexa prover. Det finns redan mycket tillgänglig metagenomisk och patientdata från stora cohorter, men de icke-bakteriella komponenterna är typiskt negligerade. En framgångsrik kandidat kommer använda de mest aktuella dokumentationer för att åter utforska tidigare publicerad data med fokus på de virala delarna.

Den här tjänsten är en del av SciLifeLabs och Knut och Alice Wallenberg Stiftelsens nationella program ”Data Driven Life Sciences [länk: https://www.scilifelab.se/data-driven/]. Målet med programmet är att rekrytera och träna nästa generation av datadrivna forskare och därmed skapa världsledande kapacitet till att främja utvecklingen av livsvetenskaper i Sverige.

Arbetsuppgifter
Den framgångsrika kandidaten kommer att utföra forskningsarbete inom det aktuella ämnesområdet. Stor frihet kommer ges kandidaten att styra forskningen åt det mest produktiva hållet. Andra uppgifter vid institutionen, exempelvis viss undervisning, kan inkluderas till en lägre grad om kandidaten så önskar.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen med fokus på  metagenomik, bioinformatik, virologi, mikrobiologi eller ett närliggande område är ett krav. Erfarenhet och kunskap inom humant mikrobiota och virusgenetik är särskilt vikt. Kandidaten förväntas vara initiativrik och angelägen att samarbeta såväl med gruppens övriga medlemmar som med nationella och internationella samarbetspartners. Det krävs mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift. Stor vikt läggs slutligen vid personlig lämplighet.

Behörighetskrav
Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Sökande som inte har avlagt doktorsexamen vid ansökningstidens utgång kan också söka, förutsatt att alla krav för avlagd examen är uppfyllda före (avsedd) anställningstidpunkt. Detta ska styrkas av den sökandes huvudhandledare, studierektor eller motsvarande.

Bedömningsgrunder
Vid urval bland behöriga sökande kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Universitetet kommer i denna rekrytering främst att beakta den som efter en helhetsbedömning av dokumenterade meriter, kompetens och skicklighet bedöms ha de bästa förutsättningarna att genomföra och utveckla aktuella arbetsuppgifter och bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Ansökan
Skicka in din ansökan via ansökningsportalen. Ansökan bör innehålla i) CV, ii) ett personligt brev som beskriver din bakgrund och motivation till varför du söker tjänsten, iii) eventuella tidigare publikationer och/eller kopia av doktorsavhandling, samt iv) kontaktuppgifter (namn och mailadress) till minst två referenspersoner.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Biträdande universitetslektor Luisa Hugerth, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 10 juli 2023. UFV-PA 2023/2012.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för kirurgiska vetenskaper (IKV) tillhör vetenskapsområdet för medicin och farmaci och har ca 160 anställda och runt 200 registrerade doktorander, av vilka flertalet är kliniskt verksamma läkare och sjuksköterskor.

Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning på grundnivå, avancerad nivå och forskarnivå. Undervisningen sker bl.a. inom läkar-, sjuksköterske-, röntgensjuksköterske- och specialistsjuksköterskeprogrammen. Forskningen bedrivs i forskargrupper organiserade utifrån olika kirurgiska specialiteter och näraliggande ämnen såsom anestesi, intensivvård och radiologi. Mycket forskning bedrivs i samarbete mellan olika forskargrupper inom IKV och vid andra institutioner vid Uppsala universitet samt med andra universitet både i Sverige och internationellt. Många av institutionens anställda har anställningar som är förenade med befattningar vid Akademiska sjukhuset.

Nu söker IKV en postdoktor i bioinformatik, med inriktning mot genetisk epidemiologi!

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitetet: https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Projektbeskrivning
Utveckling av svår sjukdom pga infektioner är starkt kopplad till värdfaktorer. Det finns idag stora genotypade kohorter liksom stora databaser med data på hälsa och sjukdom. Genom att använda data från stora kohorter och nationella register studerar vi vilka biologiska mekanismer som ligger bakom allvarlig sjukdom.

Arbetsuppgifter
I rollen som postdoktor förväntas du hantera stora databaser med genetiska data och data från nationella register. Du ska undersöka vilka genvarianter och proteiner som är nyckelfaktorer för att utveckla allvarlig sjukdom till exempel efter infektion med metoder så som GWAS och Mendelisk randomisering. Arbetsuppgifterna består av självständig databearbetning, statistiska analyser och att skriva vetenskapliga artiklar i samarbete med forskningsgruppen.

Kvalifikationskrav
För anställning som postdoktor ska du ha (eller erhålla innan anställningens startdatum) en doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i genetisk epidemiologi, bioinformatik eller ämnesområde som bedöms likvärdigt. Examen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan examen vara äldre än tre år (med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc).

För att lyckas i rollen krävs det att du har ett starkt intresse för och erfarenhet av genetisk epidemiologi och/eller att du har expertkunskaper i genetisk epidemiologisk studiedesign, samt tidigare kunskap och erfarenhet av att självständigt programmera statistiska analyser av epidemiologiska data. Du ska ha dokumenterade färdigheter i datamanagement, statistiska analyser och statistisk modellering (R, Python). Du har mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i det engelska språket och du har utmärkta färdigheter i vetenskaplig skrift. Som person har du en fallenhet för att samarbeta med andra, vilket är nödvändigt för ett framgångsrikt arbete med andra såväl som individuellt. Du har lätt för att prioritera bland dina arbetsuppgifter och du har en god organisationsförmåga. Slutligen är du detaljorienterad och har ett professionellt förhållningssätt.

Önskvärt/meriterande
Erfarenhet av statistiska analyser av data från svenska nationella register är meriterande.

Instruktioner för ansökan
Din ansökan ska innehålla:

- CV (max 2 sidor)
- Personligt brev som beskriver dig, ditt forskningsintresse och erfarenhet, samt varför just du är lämplig för denna tjänst (max 2 sidor)
- Publikationslista
- Kopior av doktorsexamen, dina kursbetyg och andra relevanta meriter
- Namn och kontaktuppgifter (adress, e-postadress och telefonnummer) till minst två referenspersoner

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i två år. Omfattningen är 100 %. Tillträde snarast möjligt, eller efter överenskommelse. Placeringsort: Uppsala


Upplysningar om positionen lämnas av: Prof. Miklos Lipcsey, [email protected]  
För anställningsfrågor kontakta personalsamordnare Karin Johansson, [email protected].

Välkommen med din ansökan senast den 16 mars 2023, UFV-PA 2022/4650.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Are you interested in plant breeding and the development of novel crops for a sustainable agriculture and mitigation of climate change? We are looking for a highly motivated person to join our research on the domestication and breeding of perennial cereal grain crops at the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Uppsala, Sweden. The postdoc project focuses on intermediate wheatgrass (Thinopyrum intermedium), which is a perennial wild relative of wheat that is being developed to produce human-edible grain in temperate climates.

Department of Plant Biology
The postdoc is associated with the research group of Anna Westerbergh at the Department of Plant Biology, SLU (https://www.slu.se/en/departments/plant-biology-forest-genetics/research/groups/anna-westerbergh/). You and the research group will work closely with researchers at The Land Institute, Salina, Kansas, USA (https://landinstitute.org/scientific-pub-category/intermediate-wheatgrass/). 

The department of Plant Biology conducts fundamental and strategic research in plant biology and breeding on agricultural crops, forest trees, biofuel crops and model organisms. The Department of Plant Biology is located at the Uppsala BioCenter, which brings together departments with strong competence of international standard in plant biology, pathology, microbiology, food science, chemistry and biotechnology of great relevance for agriculture and forestry. The Uppsala BioCenter offers excellent facilities for breeding activities including state-of-the art greenhouses and climate chambers and molecular genetics and microscopy laboratories. The Department of Plant Biology is also a part of the Linnaeus Centre for Plant Biology in Uppsala, where researchers from SLU and Uppsala University discuss functional aspects of plants and interactions with the environment of direct relevance for agriculture, forestry and biodiversity management.

Duties:
The focus of the postdoctoral project is to develop genomic selection models that will be applied in an ongoing intermediate wheatgrass (IWG, Thinopyrum intermedium) breeding program in Sweden. You will work with large genotypic and phenotypic datasets and apply biometric approaches on different selection cycles and populations of IWG. You will also assist in evaluation of plant and agronomic traits important for yield in the field and in the laboratory. 

Qualifications:
The successful candidate should have a PhD degree in plant breeding, quantitative genetics, population genetics, bioinformatics or similar. Prior experience with statistical analysis of large data sets and genomic selection is a merit. You should have demonstrated an ability to conduct and complete research projects, as evidenced by scientific publications in international peer reviewed journals. You should also be able to formulate a research vision that shows how you plan to use previously acquired knowledge and skills to advance the research project. Ability to work independently as well as in a team are considered important qualities. Good skills in written and oral communication in English are required.

Place of work:
Uppsala.

Form of employment:
Tax-free stipend, 24 months, with the possibility of extension.

Extent:
100%.

Starting date:
According to agreement.

Application:
We welcome your application no later than 2023-01-23. Please, use the button below to submit the application.

The application must be written in English and contain (1) CV with full publication list, (2) a description of research experiences, (3) a copy of the PhD diploma, (4) contact information of two to three referee persons.

Academic union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/

About the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)
SLU is a world-class international university within the sciences for sustainable life and brings together people who have different perspectives, but with the same goal to create the best conditions for a sustainable, thriving and better world. It develops the understanding and sustainable management of biological natural resources through research, education and environmental monitoring and assessment, in collaboration with the surrounding community. The principal sites are in Uppsala, Umeå and Alnarp, but activities are also conducted at research stations, experimental parks and educational establishments throughout Sweden. SLU has about 3 000 employees and 5 000 students. The environment at the campuses is modern and attractive.

www.slu.se/en/ Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi.

Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://www.icm.uu.se/.

Den person vi nu söker kommer att vara placerad vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi och knuten till National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten. Läs mer här: https://www.scilifelab.se/

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap. Programmet avser även att stärka nationella samarbeten mellan lärosäten, överbrygga klyftan mellan de data- och livsvetenskapliga forskarområdena, samt etablera partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer. Läs mer här: https://www.scilifelab.se/data-driven

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom evolution och biodiversitet vid Uppsala Universitet tillsammans med Naturhistoriska Riksmuséet. Noden kommer att ha ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Bioinformatikerna kommer att integreras med SciLifeLab bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap och deltar i internationella samarbeten. Vi söker nu enastående kandidater med kompetens inom maskininlärning tillämpad på biologiska data, för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till vetenskapligt framstående datadrivna svenska forskningsprojekt inom evolution och biodiversitet. Positionen utgör en unik möjlighet att delta i arbete av vikt för ökad förståelse för organismers utbredning och bevarande av biologisk mångfald med deltagande i projekt specifikt utvalda för hög vetenskaplig kvalitet. Läs mer här: https://www.nbis.se/

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet: https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt. Beroende på projekt kan olika datatyper förekomma, inklusive sekvensdata, utbredningsdata, bilddata och andra typer.
- Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser, och tillgängliggöra dessa för användning av andra forskare.
- Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, undervisa på nationella kurser och delta i konsultationer.
- Bidra till den löpande utvecklingen av DDLS-programmet och SciLifeLabs bioinformatikplattform på en nationell nivå.

Kvalifikationskrav
Vi söker en driven forskare med gedigen erfarenhet och intresse av maskininlärning tillämpad på biologiska och genetiska projekt. Den sökande bör ha;

- Doktorsexamen inom beräkningsbiologi eller annat relaterat område arbetsgivaren finner relevant för anställningen
- Gedigen erfarenhet (3+ år) av prediktiva analyser av biologiska bilddata, tabulära data och/eller genomiska data
- Erfarenhet av Python-skriptning
- Flytande talad och skriven engelska
- Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet

Önskvärt/meriterande i övrigt
Postdoktorala studier är en stark merit. Kunskap inom maskininlärning och “deep learning” tillämpad på evolutionära projekt är en stark merit. Erfarenhet av utveckling av pipelines i Nextflow eller Snakemake anses värdefullt för positionen.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Bengt Persson, prefekt, [email protected] och Henrik Lantz, avdelningschef, [email protected].

Välkommen med din ansökan senast den 16 januari 2023, UFV-PA 2022/4672.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Är du intresserad av växtförädling och utveckling av nya grödor för ett hållbart jordbruk som kan förhindra klimatförändringar? Vi söker en mycket motiverad person till vår forskning om domesticering och växtförädling av fleråriga spannmålsgrödor vid Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Uppsala, Sverige. Postdoc-projektet fokuserar på en flerårig vild släkting till vete (intermediate wheatgrass, Thinopyrum intermedium), som är under utveckling för att bli ett första flerårigt spannmål för odling i tempererade klimat.

Institutionen för växtbiologi
Postdoc-projektet är knutet till Anna Westerberghs forskargrupp vid institutionen för växtbiologi, SLU ( https://www.slu.se/en/departments/plant-biology-forest-genetics/research/groups/anna-westerbergh). Du och forskargruppen kommer att arbeta nära forskare vid The Land Institute, Salina, Kansas, USA (https://landinstitute.org/scientific-pub-category/intermediate-wheatgrass/).

Institutionen för växtbiologi bedriver grundläggande och strategisk forskning inom växtbiologi och växtförädling av jordbruksgrödor, skogsträd, biobränslegrödor och modellorganismer. Institutionen för växtbiologi är belägen vid Uppsala BioCenter som samlar institutioner med stark kompetens av internationell standard inom växtbiologi, patologi, mikrobiologi, livsmedelsvetenskap, kemi och bioteknik med stor relevans för jord- och skogsbruk. Uppsala BioCenter erbjuder utmärkta faciliteter för växtförädlingsverksamhet som toppmoderna växthus och klimatkammare samt laboratorier för molekylärgenetik och mikroskopi. Institutionen för växtbiologi är också en del av Linnécentrum för växtbiologi i Uppsala där forskare från SLU och Uppsala universitet diskuterar funktionella aspekter hos växter och interaktioner med miljön av direkt betydelse för jordbruk, skogsbruk och förvaltning av biologisk mångfald.

Arbetsuppgifter:
Projektet fokuserar på att utveckla genomiska selektionsmodeller som kommer att tillämpas i ett pågående växtförädlingsprogram på en flerårig vild släkting till vete, Thinopyrum intermedium, i Sverige. Du kommer att arbeta med stora genotypiska och fenotypiska dataset och tillämpa biometriska metoder på olika selektionscykler och populationer av Thinopyrum intermedium. Du kommer också att hjälpa till med utvärdering av växt- och agronomiska egenskaper i fält och i laboratoriet som är av betydelse för fröproduktionen. 

Kvalifikationer:
Den framgångsrika kandidaten bör ha en doktorsexamen i växtförädling, kvantitativ genetik, populationsgenetik, bioinformatik eller liknande. Tidigare erfarenhet av statistiskanalys av stora dataset och genomisk selektion är meriterande. Du bör ha visat förmåga att genomföra och slutföra forskningsprojekt, vilket ska framgå av vetenskapliga publikationer i internationella peer reviewed tidskrifter. Du ska också kunna formulera en forskningsvision som visar hur du planerar att använda tidigare förvärvade kunskaper och färdigheter för att föra forskningsprojektet framåt. Förmåga att arbeta självständigt såväl som i grupp ses som viktiga egenskaper. Goda kunskaper i skriftlig och muntlig kommunikation på engelska krävs.

Placering:
Uppsala.

Anställningsform:
Skattefritt stipendium, 24 månader, med ev. möjlighet till förlängning.

Omfattning:
100%.

Tillträde:
Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2023-01-23.

Ansökan ska skrivas på engelska och innehålla (1) CV med fullständig publikationslista, (2) en beskrivning av forskningserfarenheter, (3) en kopia av doktorsexamen, (4) kontaktuppgifter till två eller tre referenspersoner.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU)
SLU är ett internationellt universitet i världsklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld. Huvudorter är Uppsala, Umeå och Alnarp men verksamheter bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Miljön på universitetetsområdena är moderna och attraktiva.

www.slu.se Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper,  http://www.

medsci.uu.se, är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. 

Detta projekt, som bedrivs vid enheten för Transplantation och regenerativ medicin, avser använda systembiologi och precisionsmedicin för att etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. 

Målet med nuvarande projekt är att använda systembiologi och så kallad ”Big data” för att dels förbättra och skräddarsy diagnostik och prognos, samt att kunna förutsäga behandlingssvar. Det vill säga delar av så kallad precisionsmedicin, vilket kräver bred kartläggning av biologisk data (djup fenotypning). 

Ett av delmålen är att använda en AI-baserad plattform för att kunna analysera Big data från flera källor/modaliteter för att kunna anpassa terapier till en specifik individ. Vi kommer även att kartlägga ifall fenotypdata kan förutsäga olika sjukdomsvariabler.

Parallellt kommer vi att använda avancerade interventionsstudier med provtagning i välkontrollerade sömnlab. Inriktningen kommer att vara undersökningar kring hur sömn och livsstilsfaktorer interagerar med vanliga folkhälsosjukdomar som drabbar kognitionen samt ämnesomsättningen, såsom typ 2-diabetes. Även här kommer ett av delmålen vara att finna nya biomarkörer.

I vår grupp kommer du kunna få bred expertis om sömn och dygnsrytmer, samtidigt som du har möjlighet att skaffa dig lab-erfarenhet och omfattande nätverkande med våra internationella partners. Du kommer också att ha möjligheter till förstaförfattarpositioner på manuskript, att delta i flera forskningssamarbeten, samt att presentera vid nationella såväl som internationella konferenser.

https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter  

- Bioinformatiska analyser av och integrering av flera datatyper, så kallad systembiologisk analys (t.ex. blodbaserade biomarkörer, EEG-data) från olika patientkategorier, för att finna nya biomarkörer och sjukdomsmekanismer som är specifika för olika typer av neurokognitiva störningar. Inriktningen är på demenssjukdomar, sömnstörningar och epilepsi, samt metabola störningar såsom typ 2-diabetes.
- Analys av aktivitetsdata (aktigrafi) och EEG-data för att analysera sömn och parametrar för dygnsrytmen, samt hur detta relaterar till sjukdomsmekanismer och annan neurokognitiv data (t.ex. för att utvärdera minnesförmågan) vid neurokognitiva och metabola störningar.
- Analys av metagenomiska data och integrering med metabolomik-baserade data, med bioinformatiska nätverksmodeller för att hitta nya mekanismer för reglering av dygnsrytmen och sömn vid normal hälsa och vid metabola och neurokognitiva störningar.
- Samarbete med partnergrupperna inom EU-Horizon-projektet MES-CoBraD, för provhantering och provanalyser vid etablerade faciliteter vid Uppsala universitet och våra samarbetspartners, för analyser av nya biomarkörer, t.ex. med multiplexade provpaneler (t.ex. O-link, samt riktade metabola, kardiovaskulära och neurodegenerativa biomarkörer).

Kvalifikationskrav

- Doktorsexamen i bioinformatik eller systembiologi, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i bioinformatik eller systembiologi.
- Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
- Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, inom bioinformatik och integrering av flera datatyper (t.ex. transkriptom-data, metabolomik och tarmflorans metagenomik), med arbete och visualisering i relevanta skriptmiljöer (såsom R och pyton).
- Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, av arbete med ovanstående typer av data för humandata, gärna med fokus på folkhälsosjukdomar såsom obesitas, typ 2-diabetes och neurodegenerativa sjukdomar.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper om bioinformatiskt relevant databas-hantering (t.ex. KEGG, USDA, Uniprot) och nedladdning och implementering av sådant i bioinformatiskt relevanta tillämpningar. Multi-omics-integrering, genome-scale metabola modeller, erfarenhet av relevanta bioinformatiska pipelines och relevanta kvalitetssäkrings-verktyg (t.ex. PCA, PLSDA, t-SNE). Erfarenhet i relevanta visualiserings-miljöer (ggplot2, illustrator), programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation. Våtlabs-arbete, t.ex. med ELISA-metoder, qPCR och western blotting.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i två (2) år. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, mailto:[email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 14 oktober 2022, UFV-PA 2022/3421.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Who we are

Olink Proteomics is a rapidly growing life science company committed to advancing the understanding of human diseases through proteomics. We are dedicated to innovation, quality, rigor, and transparency, providing outstanding solutions and support for human protein biomarker discovery.

The vital role of proteins in understanding human biology has been recognized for many decades, but technological limitations severely restricted the comprehensive investigation of the huge number of proteins that could be important in different biological processes and diseases. With Olink, scientists can now simultaneously measure thousands of human proteins using just a few µL of blood sample, with highly specific, thoroughly validated assays that cover a very wide dynamic range (fg/mL to µg/mL).

In a few years, Olink has grown rapidly from a small, Sweden-based company offering assays for a few hundred proteins, to a NASDAQ-listed (https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https://investors.olink.com/investor-relations&data=05|01|[email protected]|44d00a4e60cc45da8f8b08da2d189513|0bc012cfb3e946bd95a6cecc37315bb1|1|0|637871880838157918|Unknown|TWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0=|3000|||&sdata;=/1avRLTDgaZQT7/HLQVoC2z6iY/lV6p088C3xz0TkuI=&reserved=0) organization with a strong global presence, a broad portfolio (https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https://www.olink.com/products-services/&data=05|01|[email protected]|44d00a4e60cc45da8f8b08da2d189513|0bc012cfb3e946bd95a6cecc37315bb1|1|0|637871880838157918|Unknown|TWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0=|3000|||&sdata=67Dhfg2OK3oTJU4HR9ipLduzEFYVrwrcHRERFZ+Shm8=&reserved=0) of flexible protein biomarker solutions and library of high quality, thoroughly validated assays that covers ~3000 proteins.

Position Description

We are offering an exciting and varied position in our Data Science Development team at Olink Proteomics in Uppsala.

The Data Science team at Olink offers internal and external data analysis expertise, services and tools. Our goal is to ensure good study design and data analysis decisions leading to high-quality products and processes as well as powerful and useful results. The team has two main functions, Data Science Customer Applications working mainly with developing and offering data analysis services to our customers, and Data Science Development working on internal data analysis support and product development.

We are now expanding our Development team with a Data Analyst to work with internal data analysis support and internal tool development. You will have the opportunity to work closely with RnD and several other departments at Olink throughout many different product development stages. By providing innovative analytical solutions, leveraging Olink’s proteomics data and delivering the highest value to our customers, you will be joining a global Data Science team dedicated to making Olink’s technology central for precision medicine and biomarker research.

Primary Responsibilities

The main purpose of this position is to provide troubleshooting and data analysis support and tools in internal projects:

- Provide data manipulation, analysis support and result interpretation in internal projects (product development, method development, validation experiments etc).

- Write analysis plans, conduct analysis and compile analysis reports to internal customers, ensuring high quality on all aspects of the data analysis work.
- Provide programming and data analysis consultation to other departments.


- Assist in quality control and troubleshooting of data issues.

- Work to improve processes for data quality, data analysis and reporting.

- Analyze data using relevant statistical packages and contribute to the development of functions and tools for automation of specific analysis tasks.
- Participate in internal meetings and trainings.
- Act as an integral member of the project team, collaborate effectively with other team members and customers.


Qualifications/Skills

MSc in Molecular Biology, Bioinformatics, Biostatistics or similar.

- Relevant industry or academic experience of data analysis, in Life Science sector.
- Demonstrated strong ability to work across different teams and disciplines.
- Programming skills in R.
- Knowledge in RMarkdown and Git is an advantage.
- Experience of trouble shooting and data analysis in medical or biological research, especially with data from high throughput technologies in proteomics and genomics.
- Experience from qPCR and NGS based methods is an advantage.
- Good understanding of analytical tools and applications in the Life Science industry, especially immunoassays.
- Analytical mind and an interest in modern data analysis methods and tools.
- Demonstrated strong communication skills, both oral and written.
- Problem solving skills.
- The ability to plan work, work in a structured manner and meet deadlines.
- Accuracy and attention to detail.


If you feel that your professional and personal skills fit into the description, please send us your application, and come join Olink! The selection process is on-going and the position might get filled before the last day of application so please apply as soon as possible, however no later than 2022-08-08. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Projektet avser etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. Individerna kommer att undersökas vid flera tidpunkter då olika typer av prover och beteendedata samlas in, inom ramen för ett större EU-samarbete.

Komplexa hjärnsjukdomar representeras bl.a. av neurokognitiva sjukdomar (t.ex. Alzheimers demens), sömnstörningar och krampanfall (epilepsi). Dessa kroniska tillstånd har en globalt hög prevalens och leder därmed till funktionshinder som stör aktiviteter av dagligt liv (ADL), de försämrar livskvaliteten (QoL), ökar risken för förtida död, samt bidrar till en ökad socioekonomisk börda för patienter, deras familjer och deras samhällen i stort. Därtill interagerar dessa tillstånd. Komplexa hjärnsjukdomar leder via komplexa patofysiologiska mekanismer till en försämring av hjärnans neurobiologi och funktion. Detta förklarar deras höga ko-morbiditet, och leder ofta till ett behov av livslång medicinsk behandling, som ofta är suboptimal.

Målet med det nuvarande projektet är att använda så kallad ”Big data” för att dels förbättra diagnostik och prognos, samt att kunna förutsäga behandlingssvar, dvs. delar av så kallad precisionsmedicin, för ovannämnda neurokognitiva tillstånd. Detta omfattar en skräddarsydd utredning och behandling utifrån individers kliniska presentation, och kräver en bred kartläggning av biologisk data, så kallad djup fenotypning. Ett av delmålen i projektet är att använda artificiell intelligens för att kunna analysera Big data från flera källor/modaliteter för att kunna anpassa terapier till en specifik individ. Vi kommer även att samla in data om ämnesomsättningen och om hur sömnen ser ut hos dessa individer, för att kartlägga ifall dessa fenotypdata kan förutsäga olika sjukdomsvariabler. Samtidigt kommer vi att använda interventionsstudier för att förstå hur livsstilsfaktorer interagerar med sömn och vanliga folkhälsosjukdomar som typ 2-diabetes. Även här kommer ett av målen vara att finna nya biomarkörer, t.ex. molekyler i blod eller egenskaper i tarmens mikrobiom.

I projektet kommer du att få medverka i ett bioinformatiskt arbete med samarbetspartners från flera länder (ffa. EU-länder). Projektet kommer ge ny insikt för viktiga sjukdomar som drabbar hjärnan, med fokus på sömn och neurodegenerativa sjukdomar, dvs. några av vår tids stora hälsoutmaningar.

Kvalifikationskrav
Masterexamen inom molekylärbiologi och bioinformatik. Erfarenhet av att medverka i projektarbeten och större samarbetsprojekt. Extensiva kunskaper inom bioinformatik och beräkningsbaserad modellering (computational modelling), med särskilt fokus på big data och metagenomik, dvs. bioinformatik som rör tarmflorans sammansättning och funktion. Inom metagenomikområdet bör personen besitta kunskaper som rör normal uppsättning och funktion av tarmfloran, liksom hur denna störs vid metabola och neurodegenerativa sjukdomar såsom typ 2-diabetes och Parkinsons sjukdom. Kunskaperna bör relatera till hur metagenomisk data kan jämföras med annan ”big data” såsom metabolomikdata. De bioinformatiska kunskaperna bör omfatta förmågan att analysera storskaliga datamängder med lämpliga statistiska verktyg, samt kunskap inom programmeringsmiljöerna/språken Pyton, Matlab, samt skriptspråken R, Bash och Shell. Inom dessa programmeringsmiljöer ska personen ha erfarenhet om hur man bygger biologiska nätverk genom integrering av metadata med metagenomisk data, hur man laddar ner data från externa databaser, samt visualisering av data (t.ex. i principalkomponentanalyser eller motsvarande) och metoder för att finna signifikant skilja parametrar. Kunskaper inom Word, PowerPoint och Excel, samt förmåga till grafisk visualisering av större datamängder förutsätts också.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper inom bioinformatisk genuttrycksanalys och integrering av flera datatyper, ELISA-metoder, programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, till och med 2023-10-31. Omfattningen är heltid. Tillträde 2022-09-01. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, mailto:[email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 11 juli 2022, UFV-PA 2022/2768.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; http://nbis.

se) främjar svensk livsvetenskaplig forskning genom att tillhandahålla bioinformatisk expertis och programmeringskompetens till forskare. Organisationen är nationell, med över 100 bioinformatiker, systemutvecklare och data stewards anställda på ett flertal svenska universitet.  NBIS utgör också bioinformatikplattformen på SciLifeLab (http://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna. Genom nära samarbete med de dataproducerande faciliteterna och med ledande forskargrupper har NBIS enastående möjligheter att erbjuda bioinformatiska analyser av högsta klass.

NBIS söker nu efter flera nya medarbetare som ska stödja svenska forskare inom sekvensbaserad bioinformatik (DNA/RNA). De kommer framförallt att jobba med ”short term support”, en verksamhet där vi ser väldigt varierande projekt komma in från olika fält inom biologi och medicin. Exempel på analyser vi ofta jobbar med inkluderar (men är inte begränsade till) genuttryck, variantanalyser, epigenomik, statistik och genomannotering. Vi är just nu intresserade av att stärka vår kompetens inom ”integrative omics”, cancerspecifika typer av analyser och ”genome assembly/annotation”, men även andra typer av kompetenser kan vara av intresse för positionen. NBIS forskarstöd behöver kontinuerligt anpassas till aktuella behov inom det svenska forskarsamhället, och en vilja och förmåga att lära sig är en viktig förmåga att ha för innehavaren av den här tjänsten.

Tjänsterna är placerade vid Uppsala Universitet i Navet, SciLifeLabs Uppsala-nod. I denna kreativa miljö har NBIS över 50 bioinformatiker, systemutvecklare och data stewards, med flera andra SciLifeLab-faciliteter och många olika forskargrupper i närheten. När du jobbar för NBIS är du en del av ett team, du kommer inte vara ensam. Med många kunniga kollegor att bolla med, ett brett utbud av interna kurser och möjlighet att lära sig från alla spännande supportprojekt, ger en anställning hos NBIS mycket goda möjligheter att utvecklas som bioinformatiker.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Arbetet kommer att fokusera på bioinformatisk support till svenska forskare. Exakt vilka typer av analyser som behöver genomföras kommer anpassas efter expertens kompetenser och vilka typer av projekt NBIS får in. Ansvarsområden inkluderar analyser av data, användarkommunikation, eget lärande om nya metoder, rapportskrivande och undervisning.

Kvalifikationskrav

- En doktorstitel och gedigen och dokumenterad erfarenhet (minst 5 år, kan inkludera doktorandtid) av sekvens-baserad bioinformatik (DNA eller RNA).
- God förmåga att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö. Vidare krävs god förmåga att arbeta i en serviceinriktad miljö, både i samarbete och självständigt.
- God förmåga att programmera i R eller skript-språk, t.ex. Python.
- Utmärkt talad och skriven engelska krävs. Utmärkt kommunikationsförmåga är nödvändigt, eftersom innehavaren av denna tjänst kommer att samarbeta med forskare med mycket olika bakgrund.
- Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt/meriterande i övrigt


- Post doc -erfarenhet eller annan erfarenhet av bioinformatik efter disputation är av stort intresse.
- Kompetens inom ”integrative omics”, cancerspecifika analyser och/eller ”genome assembly/annotation”.
- Tidigare erfarenhet av att jobba inom forskarstöd är av stort intresse.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Avdelningschef Dr. Henrik Lantz, mailto:[email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 7 april 2022, UFV-PA 2022/848

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Who we are

Olink Proteomics is a rapidly growing Life Science Company committed to improve the treatment of diseases and global health through enabling protein biomarker discovery and development. Owning the leading and most exciting technologies in the market and a product portfolio for protein biomarker discovery and development we serve and support our customers through innovation, quality, rigor and transparency with the mission to drive precision medicine.

In seven years, we have analysed close to two million samples and generated more than 170 million data points for hundreds of customers from both research institutes and pharmaceutical companies around the world.

Olink now enables researchers to bring our platform into their labs and provides the requisite training to ensure success. In addition, we continue to offer services through our labs in Uppsala, Sweden and Watertown, MA.

Position Description

At the Analysis Service (AS) lab in Uppsala we analyse our customers’ samples by using either qPCR or NGS readouts. The company is expanding rapidly, and we are now looking to hire an additional Data Manager to join a team of talented and highly skilled Quality Engineers, Sample Managers and Data Managers. You will report to the Manager of Quality Assurance AS.

The job of the Data Manager is to perform QC assessment of sample sets run on Olink panels by our Analysis Service Lab. Analysis is performed using Olink NPX Manager software. Data Managers also deliver approved data to Olink Customers and participate in creating Data Transfer Specification agreements. They work closely with both Analysis Service and Data Science teams.



Primary Responsibilities

- Support Analysis Service with document modifications
- Communicate and coordinate with other departments to assure availability, accuracy and timeliness of data and information needed for customer projects with special focus on DTS.
- Be responsible for Special Data Transfers (DTSs) and contributing to the development of the internal DTS process. Set up scripts to generate data in format according to DTS.
- Generate test dataset and assure data transfer.
- Backup to Data coordinator in data delivery
- Support the team’s goal of improving data delivery, analysis pipelines and reporting in customer projects.
- Work to set deadlines and ensure high quality on all aspects of the data analysis work.
- Act as an integral member of the project team, collaborate effectively with other team members and customers.


Qualifications / Skills

- MSc in Molecular Biology, Bioinformatics, Biostatistics or similar.
- Relevant industry or academic experience of data analysis.
- Demonstrated strong ability to work across different teams and disciplines.
- Programming skills in R
- Documented experience of following work processes governed by SOPs.
- Documented experience of quality assurance.
- Experience of trouble shooting and data analysis in medical or biological research, especially with data from high throughput technologies in proteomics and genomics.


We are looking for someone with the ability to meet customers in a professional and customer-friendly way and who can balance multiple projects and be flexible in your day-to-day work tasks. It is important to be able to solve technical or Data issues, customer or general problems independently and act as a resource for colleagues. Last but not least you need to be able to communicate in a clear and friendly way.

The last application day is on the 2022.03.18. If this sounds interesting, please send us your application, and come join Olink! Visa mindre

Institutionen för husdjursgenetik
Institutionen för husdjursgenetik, SLU, finns på Ultuna Campus, Uppsala, och har ca 55 medarbetare. Vår vision är ”Ett klokt nyttjande av genetiska resurser”. Vi bedriver forskning inom molekylär, kvantitativ och tillämpad genetik samt bioinformatik för en mängd djurslag inom både lantbruks-, sport- och sällskapsdjur. Vi bidrar också i flera utbildningsprogram vid SLU. Mer information på https://www.slu.se/institutioner/husdjursgenetik/.

Vi har en intressant forskningsverksamhet med projekt inom kvantitativ genetik, maskininlärning, genomiska avelsvärdering, populationsgenetik, bioinformatik och funktionell genomik. Vi anställer nu två forskare för att arbeta med data från helgenomsekvensering i pågående forskningsprojekt. Vi söker nu efter en expert i kvantitativ genetik och genomik, och en expert i bioinformatik som vill utvidga sina kunskaper inom husdjursvetenskap.

Arbetsuppgifter:
Vi söker två forskare som kommer att använda genetiska och genomiska data för att besvara frågor inom djurbiologi och djurskötsel. Forskarna kommer att arbeta med analyser av fenotyper, släktskapsträd och genomisk data från lantbrukets djur för ett brett spektrum av egenskaper. Specifika ansvarsområden inkluderar, men är inte begränsade till:


• Associationsstudier av hela genomet av en rad egenskapskomplex
• Analys av data från helgenomsekvensering och transkriptomik
• Kvantitativ validering av genomiska avelsvärden och identifierade varianter
• Design och analys av stokastiska simuleringsstudier
• Utveckling av scripts för dataredigering och analys samt pipelines
• Underhåll av programvara och servrar
• Rapportering och publisering av forskningsresultat.

Kvalifikationer:
Doktorsexamen i statistisk genetik, bioinformatik eller i ett annat relevant forskningsområde är ett krav. Färdigheter som inkluderar en gedigen bakgrund inom kvantitativ genetik, biostatistik, programering (t.ex, R, python, Fortran, C/C++), användning av vanligt förekommande programvara för analysering av genetisk data och erfarenhet av storskalig dataanalys är meriterande. Flytande engelska i både tal och skrift är en förutsättning. Du ska även kunna arbeta över olika projekt och kunna samarbeta väl med olika projektgrupper.

Placering:
Uppsala

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning om 24 månader

Omfattning:
100%

Tillträde:
Då projekten som vi rekryterar forskare till redan pågår ser vi gärna att tillträde sker under augusti 2021.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2021-06-29.

Ansökan måste vara skriven på engelska och inkludera ett personligt brev som beskriver varför du är intresserad av tjänsten och hur du uppfyller kvalifikationskraven. Urval bland de behöriga sökande baseras på: skriftlig ansökan inklusive meritförteckning (CV) och publikationslista, personliga referenser och en intervju.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning. Visa mindre

Please scroll down for english.
Växa Sverige har en omfattande databas med registreringar och information om de svenska nötkreaturen. Vår kodatabas innefattar bland annat data om produktion, veterinära behandlingar och hälsa, härstamning samt genomisk profil. Genom att bearbeta och presentera denna information skapar vi verktyg för att de svenska nötkreaturen ska förbli bland de mest välmående i världen samtidigt som produktiviteten kan ökas.
Den aktuella tjänsten är placerad i vårt team Kunskap Avel. Tjänsten innebär en kombination av utveckling av nya metoder och användning av ny data, samt en del arbetsuppgifter av mer rutinartad karaktär, såsom att förbereda data inför de månatliga avelsvärderingarna och att beräkna genetiska värden. Vår nya kollega kommer även att vara en nyckelperson i ett större projekt för att förnya IT-infrastrukturen kring avelsarbetet.
Vid sidan av ovanstående finns möjlighet att på sikt jobba med databearbetning och utveckling i något av våra andra kunskapsområden såsom djurhälsa, epidemiologi eller utfodring.
I tjänsten hos oss kommer du att:
Arbeta med kvalitetssäkring av de databaser och datamaterial som ingår i avelsvärderingen.
Leverera kvalitetssäkrat material till den regelbundna avelsvärderingen och säkerställa resultatet.
Programmera nya rutiner och verktyg
Utveckla nya användningsområden för det omfattande data som finns i kodatabasen och andra datakällor.
Stötta övriga gruppen i struktur och effektivitet kring informationshantering och programmering.
Agera kravställare.
Utifrån dina intressen och erfarenheter finns också möjlighet att delta i vårt utvecklingsarbete för att stärka det nordiska avelsarbetet eller att gå mer in på djupet i IT-utveckling och förvaltning.

Vi står inför en spännande period då avelsarbetet är i ständig utveckling och kundernas krav på avelsvärderingen hela tiden ökar.
Som vår nya kollega i Växa Sveriges avdelning Kunskap och Utveckling arbetar du aktivt med utveckling av lantbruksföretag med mjölk- och köttproduktion och du kommer ingå i ett team med olika kompetenser.
För att passa i rollen tror vi att du:
Har en akademisk examen inom relevant område; gärna inom bioinformatik, IT och informatik, datateknik eller motsvarande.
Har ett stort intresse för biologi och IT.
Har lätt för att samarbeta och bygga relationer
Behärskar svenska och engelska (minst ett av språken flytande och det andra på en god nivå)
Något eller några års arbetslivserfarenhet inom ovanstående områden är meriterande men inte ett krav.

Vi lägger stor vikt vid dina personliga egenskaper såsom egen drivkraft, stort engagemang och förmåga att möta människor. Arbetet är självständigt där du aktivt planerar och genomför dina arbetsuppgifter i samråd med chef och kollegor.
Omfattning och placeringsort Heltid och tillsvidare med placering i Uppsala. Annan placeringsort kan diskuteras.Lön enligt överenskommelse.
För mer information är du välkommen att kontakta Utvecklingschef Fredrik von Unge, [email protected] 070-298 11 95 Facklig kontaktperson: Jessica Stenvall, [email protected] 070-269 29 15
Intervjuer kan komma att ske löpande.
Varmt välkommen med din ansökan!


ENGLISH VERSION
Växa Sverige has a comprehensive database with registrations and information about Swedish cattle. This database includes data about production, veterinary treatments and animal health, heritage and genome, among other things. By processing and presenting this information we provide tools that help to maintain Swedish animal welfare among the best in the world, without compromising growth in production.
The current hiring will join the Breeding Knowledge team. The position will cover a combination of new method development and new data usage, as well as some regular job assignments of a more routine nature, such as preparing data before the monthly breeding evaluations and calculating genomic values. Our new colleague will also be a key figure in a larger project aimed at updating the IT infrastructure regarding breeding services.
In addition to the tasks mentioned above, there will be opportunities in the future for data processing and development in some of our other knowledge areas, such as animal health, epidemiology or feeding.
The position includes:
Quality assurance of the databases and data material that is used in breeding evaluation.
Supply of quality assured data to the continuous breeding evaluation programs and validation of the results.
Programming new routines and tools.
Development of new application areas for the comprehensive data set included in the cattle database and other data sources.
Support for other team members concerning data structure, information handling and programming.
Responsibility for requirement specification towards the IT-section.
Based on your interest and experience, there is also a possibility to participate in our development work aiming to strengthen Nordic breeding efforts or to participate in IT-development and administration tasks.

We are now facing an exciting period with constant development of breeding strategies and increasing customer demands regarding the breeding evaluation.
As our new colleague in the Breeding Knowledge team of Växa Sverige you will be part of a multidisciplinary team working actively with developing agricultural companies with dairy and beef production.
We think that the position suits you if you:
Have an academic degree in a relevant area, preferably bioinformatics, IT and informatics, data techniques or similar.
Have a strong interest in biology and data.
Are good at collaboration and relationship building.
Have a good command of Swedish and English (one of the languages fluently and the other one an acceptable level).
One or several years of work experience within the area of informatics is an advantage but not required.

We value personal skills highly, such as motivation, strong engagement and social skills. The work is largely independent although you will actively plan and pursue your tasks in consultation with your manager and your colleagues.
Employment and location
Full time until further notice. The position is preferably situated in Uppsala but other locations are open to discussion.
Salary according to agreement.
For more information, please contact Head of development, Fredrik von Unge, [email protected] 070-298 11 95 Union contact: Jessica Stenvall, [email protected] 070-269 29 15 Visa mindre

Identification of Genes with a Negative Effect on Equine Health and Welfare: A framework based on whole-genomesequencing and bioinformatics for horses

Department of Animal Breeding and Genetics
The department is based at Ultuna Campus, Uppsala, and has around 60 employees. Our vision is "Better use of genetic resources". We conduct research in bioinformatics, molecular, quantitative and applied genetics across a range of livestock species as well as sports and companion animals. We also contribute to several education programs at SLU and provide parentage control, genetic testing and genetic evaluation for domestic animals. More information at https://www.slu.se/en/departments/animalgenetics/.

Project description:

The overall goal of this project is to improve the horse's health and welfare by identifying the causes of hereditary diseases and to support knowledge-based breeding of healthy horses. We combine whole genome sequencing (WGS) and bioinformatics with clinical description of disease phenotypes to develop a general "pipeline" for the detection of disease-causing mutations in horses. The purpose of the study is to:


• clinically define hereditary diseases in horses;
• develop a "pipeline" to identify disease-causing mutations with bioinformatics and whole genome sequencing;
• develop a plan for breeding counseling based on different scenarios of inheritance patterns and severity of disease.

Duties:
Develop a "pipeline" to identify disease-causing mutations with bioinformatics and whole genome sequencing, and put this in a context for breeding advice depending on different hereditary patterns of congenital diseases in the horse. Some supervision and teaching of students may occur.

Qualifications:
You must hold a PhD in molecular genetics, bioinformatics, or other relevant research area. The position is intended for a junior researcher. Good knowledge and experience of bioinformatic analysis and programming, as well as good knowledge in English (both written and oral) are requirements. Understanding of and interest in animal breeding as well as experience of molecular genetic laboratory work are merits.

We are looking for you who have a great interest in research of molecular genetics as well as veterinary medicine. You must be thorough and structured, and be able to work both independently and in groups. Great emphasis will be placed on personal qualities.

Place of work:
Uppsala

Form of employment:
Temporary employment 18 months.

Extent:
100%

Starting date:
As soon as possible upon agreement, but no later than 28 February 2021.

Application:
Welcome with your application via the application button below no later than 2020-12-16.

Submit a complete CV and a cover letter indicating why you are interested in the position, how you meet the qualification requirements, and why you will become an asset for our department.

Selection among the eligible applicants is based on: written application including CV and list of publications and personal references. Please note that the applicant (s) who are called for an interview must then submit certified copies of diplomas and register extracts from previous studies at undergraduate and advanced level at university or college, and that applicants with foreign citizenship must also submit a certified copy of the page in the passport that contains photos and personal information.

Academic union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/



The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) develops the understanding and sustainable use and management of biological natural resources. The university ranks well internationally within its subject areas. SLU is a research-intensive university that also offers unique degree programmes in for example rural development and natural resource management, environmental economics, animal science and landscape architecture.

SLU has just over 3,000 employees, 5,000 students and a turnover of SEK 3 billion. The university has invested heavily in a modern, attractive environment on its campuses in Alnarp, Umeå and Uppsala.

www.slu.se

SLU is an equal opportunity employer. Visa mindre

Identifiering av gener med negativ inverkan på hästens hälsa och välbefinnande: Ett ramverk baserat på helgenomsekvensering och bioinformatik på häst

Institutionen för husdjursgenetik
Institutionen har sitt huvudsäte på Ultuna Campus, Uppsala, och har ca 60 medarbetare. Vår vision är "Bättre användning av genetiska resurser". Vi bedriver forskning inom molekylär, kvantitativ och tillämpad genetik samt bioinformatik för lantbruks-, sport- och sällskapsdjur. Vi bidrar också i flera utbildningsprogram vid SLU samt tillhandahåller härstamningskontroll, genetiska tester och avelsvärdering för husdjur. Mer information på https://www.slu.se/institutioner/husdjursgenetik/.

Innehållsbeskrivning:

Det övergripande målet med detta projekt är att förbättra hästens hälsa och välfärd genom att identifiera orsaker till ärftliga sjukdomar och att stödja en kunskapsbaserad uppfödning av friska hästar. Vi kombinerar helgenomsekvensering (WGS) och bioinformatik med klinisk beskrivning av sjukdomsfenotyper för att utveckla en generell "pipeline" för detektering av sjukdomsalstrande mutationer hos häst. Syftet med studien är att:


• kliniskt definiera vissa ärftliga sjukdomar hos häst
• utveckla en "pipeline" för att identifiera sjukdomsframkallande mutationer med bioinformatik och helgenomsekvensering
• ta fram en plan för avelsrådgivning utifrån olika scenarier av arvsmönster och svårighetsgrad av sjukdom

Arbetsuppgifter:
Utveckla en "pipeline" för att identifiera sjukdomsframkallande mutationer med bioinformatik och helgenomsekvensering samt sätta detta i ett sammanhang för avelsrådgivning kring sjukdomar med olika slags nedärvning hos häst. Viss handledning och undervisning av studenter kan förekomma.

Kvalifikationer:
Du ska ha doktorsexamen i molekylärgenetik, bioinformatik, eller annat relevant forskningsområde. Anställningen är avsedd för en junior forskare. Goda kunskaper och erfarenhet av bioinformatisk analys och programmering, samt goda kunskaper i engelska (både skriftligt och muntligt) är krav. Förståelse för och intresse av husdjursavel samt erfarenhet av molekylärgenetiskt laborativt arbete är meriterande.

Vi söker dig som har stort intresse för molekylärgenetisk såväl som veterinärmedicinsk forskning. Du ska vara noggrann och strukturerad, samt kunna arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper.

Placering:
Uppsala

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 18 månader.

Omfattning:
100%

Tillträde:
Snarast enligt överenskommelse men senast 28 februari 2021.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2020-12-16.

Ansökan ska innehålla en komplett meritförteckning (CV) och ett personligt brev som visar varför du är intresserad av tjänsten, på vilket sätt du uppfyller kraven på kvalifikationer och varför du blir en tillgång för institutionen. Urval bland de behöriga sökande baseras på: skriftlig ansökan inklusive meritförteckning (CV) och publikationslista samt personliga referenser. Observera att sökande som blir kallade till intervju då ska lämna in vidimerade kopior av examensbevis och registerutdrag från tidigare studier på grund- och avancerad nivå vid universitet eller högskola, samt att sökande med utländskt medborgarskap också ska lämna in en vidimerad kopia av den sida i passet som innehåller foto och personinformation.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.

Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis integrerade sektioner; cancer, infektioner och försvar samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/

Professor Lindblad-Tohs grupp ingår i en kreativ miljö inom Uppsala Universitets medicinska fakultet och i SciLifeLab. Forskningens fokus ligger på att använda komparativ genomik för att förstå komplexa sjukdomar, från cancer till inflammatoriska sjukdomar, och neurobiologi. För att uppnå detta använder vi oss av populationsdata och genomvida associationer tillsammans med olika omics data och traditionell genetik och biokemiska och funktionella analyser av celllinjer och patientprover.

Vi söker en innovativ och energisk person som gärna arbetar som medlem i en grupp för att driva våra studier framåt till att få en bättre förståelse av cancer genomik. Dessa nya analyser kombinerar cancer genomik med att använda 200 mammals data för att hitta regulatoriska regioner hos både kända och nya cancergener och karaktärisera dessa i detalj.

Arbetsbeskrivning: Att använda genomik och bioinformatik för att studera genreglering i multipla cancers med hjälp av evolutionär konservering. Att samarbeta nära med en grupp av cancerforskare och bioinformatiker för att förstå rollen av evolutionär konservering på genreglering speciellt i cancer. I arbetsuppgifterna ingår att: identifiera gener som är statistiskt anrikade av protein förändringar i cancer inklusive glioblastom och osteosarkom hos hund och människa, samt för en stor pan-cancer studie. Du kommer även få etablera en pipeline för att identifiera reglerande mutation och gener som är anrikade för regulatoriska mutationer, samt annotera dessa mutationer ytterligare m.h.a. olika funktionella annoteringar nerladdade från olika databaser. Detta arbete kommer även innehålla selektion av kandidatmutationer för funkitonell analys samt analys av annat kompleterande data såsom metyleringdata och RNA-seq samt att jämföra mutations spektrum i tumörer och associerade cell-linjer. Viss undervisning kan ingå.

Kvalifikationskrav: 

- Doktorsexamen eller motsvarande erfarenhet i datavetenskap, bioinformatik, statistik, genomik. Stor vikt läggs på att bedöma sökandens lämplighet i gruppen.
- Erfarenhet av cancer genomik.
- Erfarenhet av UNIX/Linux och kommandoradsmiljöer.
- Erfarenhet av sekvensanalys och bioinformatik/genomik är nödvändigt.
- Erfarenhet av datalagring och backup.
- Erfarenhet av programmering i olika högnivåspråk (Java, C++, Python) och statistisk programmering i R.
- Erfarenhet av att med script eller motsvarande programmeringsspråk (Perl, Python) hantera nedladdning, tolkning och integrering av storskaliga datamängder i olika format.
- Erfarenhet av att använda högpresterande beräkningskluster (t ex UPPMAX)
- Mycket god förmåga att kommunicera muntligt och skriftligt, både på svenska och engelska är nödvändigt.

Behörighetskrav: Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning i två år.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Kerstin Lindblad-Toh, mailto:[email protected]

Ansökan mottages via Uppsala universitets ansökningsportal och förväntas innehålla i) CV, ii) ett kortfattat brev som beskriver bakgrund, forskningsintresse och motivation till att söka den utlysta tjänsten, iii) kontaktinformation för två referenser (telefon och epostadress).

Välkommen med din ansökan senast den 24 juni 2020, UFV-PA 2020/1641.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 400 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 340, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 600 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter:
Som bioinformatiker i gruppen ansvarar du för den informatiska delen av flera projekt. Det innebär att du tillsammans med andra gruppmedlemmar ska planera projektarbetet, utföra dataanalysen med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra på olika dataset. Ett av ansvarsområdena kommer att vara analyser av data som genereras via Illumina/ Affymetrix/ Agilent-plattformar, i kombination med analyser av genetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Det andra ansvaret kommer att omfatta analyser av storskaliga parallella DNA-sekvenseringsdataset (exom och genom) inom ramen för olika projekt. Det tredje ansvarsområdet kommer att omfatta analyser av genuttryck (från array- och sekvensdata) samt analyser av CpG-metylom. Praktisk expertis inom nästa generation sekvensering (NGS), kvalitetskontroll av olika dataset, analyser av SNP-mutationer och gen-kopie-antal är också viktigt. Tidigare erfarenheter med Remote Shell Scripting (till Uppmax) och användning av Circos-Plots för visualisering av genetisk variation är ytterligare fördelar.

Kvalifikationskrav:
Masterexamen i ett område lämpligt för tjänsten, såsom t.ex. bioinformatik eller liknande. Man ska också ha en väl dokumenterad bakgrund som biolog och bioinformatiker samt en välprövad praktiskt erfarenhet (t.ex. genom publikationer inom bioinformatik). Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina SNP och CpGmethylome arrays), särskilt inriktade på studier av strukturell variation i humant genom, värderas högt. Tidigare erfarenhet av Nexus-platformen är idealiskt. Erfarenhet med Linux/ Unix-miljö, programmeringsförmåga (t.ex. i JAVA, R, Perl, C ++, Shell scripting) samt kompetens att självständigt utveckla nya webbaserade plattformar för stor datasamling och analys (-databaser och phpMyAdmin) är essentiell. Vidare är kunskap om webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) ett plus. Den framgångsrika kandidaten ska också ha en förmåga att introducera andra anställda/ studenter till bioinformatik och kommunicera väl med övriga medlemmar i gruppen och därför är goda sociala färdigheter högt värderade. 

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Önskvärt är doktorsexamen i bioinformatik. 

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: Snarast.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 2 år.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Jan Dumanski, [email protected], 018-471 5035

Välkommen med din ansökan senast den 16 december 2019, UFV-PA 2019/3776.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen fo?r cell- och molekyla?rbiologi (ICM) a?r en av de mest internationella, breda och framsta?ende biomolekyla?ra institutioner i Europa.

Institutionens forskningsomra?den a?r indelade i sex forskningsprogram som och ta?cker allt fra?n cellbiologi till biofysik av enskilda molekyler. Den person vi nu so?ker kommer att vara placerad vid Institutionen fo?r cell- och molekyla?rbiologi och knuten till National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

SciLifeLab a?r ett nationellt centrum fo?r molekyla?ra biovetenskaper med fokus pa? forskning inom ha?lsa och miljo?. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekyla?ra biovetenskaper. SciLifeLabs ma?l a?r ocksa? att bygga en stark forskargruppering kring centret genom utbildning och samverkan. SciLifeLab a?r en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. SciLifeLab startade sin verksamhet 2010 och har idag o?ver 400 ansta?llda vid faciliteterna, samt 150 forskargrupper (http://www. scilifelab.se).

NBIS är en distribuerad nationell forskningsinfrastruktur financierad af Vetenskapsrådet, Knut & Alice Wallenbers stiftelse, SciLifeLab och svenska universitet. Syftet med NBIS a?r att tillhandaha?lla bioinformatiksupport och infrastruktur till forskare inom livsvetenskaperna. NBIS har ett 90-tal experter o?ver hela landet inom många olika bioinformatiska kompetensomra?den. Som den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR är NBIS involverat i många internationella aktiviteter med syfte att förbättra den europaövergripande bioinformatikinfrastrukturen. NBIS har också en grupp som är fokuserad på att stödja svenska Life Science-forskare med datahantering enligt principerna för Öppen vetenskap och FAIR, i nära samarbete med SciLifeLabs Data Centre. Vi söker nu fler Data Stewards för att ytterligare förstärka datahanteringskompetensen inom NBIS. Mer information om NBIS finns pa? https://nbis.se.

Arbetsuppgifter: Vi söker dig som vill vara med att stödja svensk Life Science-forskning att hantera och tillgängliggöra sina forskningsdata på bästa sätt. Du kommer att arbeta med att stödja forskargrupper att etablera datahanteringsplaner, samt att hjälpa forskargrupper att strukturera och publicera den forskningsdata de genererar. En viktig del i arbetet är också att utbilda forskare i datahanteringsprinciper och tillvägagångssätt. Du förväntas också bidra kompetenshöjande nätverkande inom forskningsdatahantering i Sverige, och in utvecklingsaktiviteter internationellt inom ELIXIR-nätverket.

Kvalifikationskrav: So?kande skall ha masterexamen inom Life Science, Informationsteknik, eller Bioinformatik, alternativt motsvarande kompetens inom ett eller flera av dessa omra?den fo?rva?rvad pa? annat sa?tt. Krav att vara förtrogen med internationella repositorier för deponering och publicering av Life Science-data, och därtill relevanta datatyper och standarder. Kännedom om principerna för Öppen vetenskap och FAIR. Dessutom dokumenterad erfarenhet av undervisning på universitetsnivå.

Stor vikt kommer att la?ggas vid personlig la?mplighet. Den so?kande ska ha mycket god samarbetsfo?rma?ga, initiativfo?rma?ga och goda kommunikativa kvaliteter. Som person bo?r du vara flexibel och serviceinriktad. Du bo?r a?ven vara kvalitetsmedveten samt ma?l- och resultatinriktad. Du ska kunna uttrycka dig obehindrat pa? engelska i ba?de skrift och tal.

Meriterande:

- Erfarenhet av att arbeta med användarstöd
- Erfarenhet av att arbeta i internationella samarbeten och nätverk
- Erfarenhet av Carpentries-metodik.
- Förtrogenhet med användande av unix/linux, och skriptning med t.ex. Bash, python, eller R, samt versionshantering med git.

Lo?n: Individuell lo?nesa?ttning tilla?mpas.

Tilltra?de: snarast eller efter o?verenskommelse.

Ansta?llningsform: Tillsvidareansta?llning, provansta?llning kan tilla?mpas

Ansta?llningens omfattning: 100%

Na?rmare information om ansta?llningen la?mnas av Niclas Jareborg, 0733-866605, [email protected], och Bengt Persson, 0704 250 230, [email protected].

Va?lkommen med din anso?kan senast den 20 april 2020, UFV-PA 2020/762.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Science for Life Laboratory (SciLifeLab, www.

scilifelab.se) är en nationell infrastruktur som stödjer avancerad storskalig forskning inom livsvetenskaperna. SciLifeLab har de senaste åren lanserat stora satsningar inom medicinsk molekylär forskning, vilket har inneburit kraftigt ökade datamängder och behov av ökade datorresurser med specifika krav på säker datahantering.

Arbetsuppgifter

Vi söker nu en tekniskt kvalificerad bioinformatiker för att hantera tekniska utmaningar vid systemen för hantering av känslig persondata vid det nationella superdatorcentret Uppmax (www.uppmax.uu.se), för att möjliggöra avancerad medicinsk forskning. Tjänsten är placerad vid institutionen för Cell- och Molekylärbiology (ICM) i Uppsala som en del av Bioinformatics Support vid NBIS/SciLifeLab (www.nbis.se), och du kommer därigenom att ha nära kontakt med flera av de största sekvenseringsprojekten i Sverige. Din roll kommer att vara att arbeta med systemexperter, applikationsexperter och bioinformatiska forskare för att identifiera och lösa tekniska hinder och möjliggöra världsledande forskning. 

Kvalifikationskrav

Master- eller (civil-)ingenjörsexamen inom bioinformatik, eller har erhållit motsvarande teknisk kompetens genom en PhD eller arbetslivserfarenhet inom relevant område. Dokumenterad erfarenhet av mjukvaru- och databasinstallation är ett krav. Arbetet kräver god kommunikationsförmåga på både svenska och engelska.

Meriterande

Erfarenhet från arbete med storskaliga datorkluster är en merit.

Tjänsten är tillsvidare med tillträde snarast. För mer information, vänligen kontakta Björn Nystedt, National Bioinformatics Infrastructure Sweden at SciLifeLab, [email protected], 018 - 471 44 13

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast

Anställningsform: Tillsvidare, provanställning kan tillkomma

Anställningens omfattning: 100 %

Välkommen med din ansökan senast den 16 september 2019 till UFV-PA 2019/2813

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se/

Array och analysfaciliteten är en regional teknikplattform av nationellt intresse. Vi tillhandahåller mikroarray-baserade analyser av RNA och DNA för forskare främst från Uppsala universitet men också från andra lärosäten. Vi erbjuder även bioinformatisk stöd för analys av arraydata och andra typer av data.

Arbetsuppgifter:

Vi söker dig som vill jobba i ett multidisciplinärt team för att erbjuda bioinformatiskt stöd på högsta möjliga servicenivå till våra uppdragsgivare. I arbetsuppgifterna ingår att möta uppdragsgivare med varierande frågeställningar och hjälpa dem planera projekten och ansvara för genomförandet av dataanalysen. Analyserna inkluderar expressionsanalys, DNA-kopietalsanalys av tumörprover, DNA metyleringsanalys och integrering av olika typer av data. Du utbildar även uppdragsgivarna i att hantera verktyg för att själva kunna utforska sina data.

I arbetet ingår även att utveckla bioinformatiska verktyg och infrastruktur för mikroarray data men även för bildanalys av vävnadssnitt. I arbetsuppgifterna ingår även administrativa sysslor som dokumentation, sammanställning av faktureringsunderlag, prissättning och att utarbeta information om faciliteten. 

Kvalifikationskrav:

- Universitetsutbildning med inriktning mot Life science och dataanalys tex från programmen för molekylärbioteknik, datavetenskap, biologi, biomedicin eller motsvarande erfarenhet
- Mångårig erfarenhet av arbete med storskaliga analysmetoder
- Tidigare erfarenhet av programmering i R och arbete i Linuxmiljö
- God muntlig och skriftlig färdighet i engelska
- Sökanden skall vara serviceinriktad, ha god samarbetsförmåga och förmåga till självständigt arbete

Önskvärt och meriterande i övrigt:

- Tidigare erfarenhet av bioinformatiskt stöd och arbete med analys av arraydata
- Forskarutbildning med inriktning mot Life Science och dataanalys
- Erfarenhet från Post-doc inom Life Science och dataanalys
- Erfarenhet av programmering i Java
- Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk metodutveckling för mikroarraydata och bildanalys av vävnadssnitt
- Dokumenterad erfarenhet av att arbeta med artificiell intelligens och specifikt deep learning metoder för bildanalys
- Dokumenterad erfarenhet av att arbeta på uppdrag av externa uppdragsgivare

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Ansökan skall innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, eventuella publikationer och en kort beskrivning av dina forskningsintressen. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner och/eller bifogar rekommendationsbrev. Ansökningarna bedöms enligt följande kriterier: Lämplig formell utbildning, tidigare erfarenhet av bioinformatisk stödverksamhet, kommunikation och metodutveckling samt personlig lämplighet.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning

Tillträde: Enligt överenskommelse

Anställningsform: Tillsvidareanställning

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Anders Isaksson tel. 018-471 44 85, e-post: [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 1 augusti, 2019, UFV-PA 2019/2330.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se.

Som en del av den nationella infrastrukturen för genomik (National Genomics Infrastructure, NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se), erbjuder SNP&SEQ;-teknologiplattformen nästa generations sekvenseringsteknologi (Next Generation Sequencing, NGS) och SNP-genotypning som en service åt forskare i och utanför Sverige (http://www.sequencing.se).

Vill du jobba inom ett av världens snabbast växande teknikområden? Vi söker nu en vikarierande bioinformatiker till SNP&SEQ;-teknologiplattformen, Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV), biomedicinskt centrum (BMC), Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter

Som bioinformatiker vid SNP&SEQ;-teknologiplattformen arbetar du jämsides med forskare och systemutvecklare i en dynamisk och kreativ miljö vid ett av Europas största sekvenseringscenter. Sekvenseringsinstrument vid plattformen inkluderar Illuminas iSeq-, MiSeq-, och NovaSeq-system.

Bioinformatikerna ansvarar för att hantera och analysera den sekvensdata som produceras vid plattformen. Detta inbegriper bearbetning, kvalitetskontroll, analys och leverans av data till uppdragsgivare. I arbetsuppgifterna kan även ingå att bidra till utveckling och underhåll av de system som används för detta ändamål, samt att bistå SNP&SEQ;-plattformens forsknings- och utvecklingsgrupp med analys av data inom interna och externa forskningsprojekt.

Kvalifikationskrav

- Civilingenjörsexamen eller motsvarande, gärna med inriktning mot bioinformatik, molekylär bioteknik eller molekylär genomik.
- God kännedom och förståelse av storskalig DNA-sekvensering och tillhörande applikationer.
- God vana av att arbeta i Linuxmiljö och av shell skriptning.
- Erfarenhet av att analysera och visualisera data i R, Matlab eller motsvarande.
- Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Vi söker noggranna personer med öga för detaljer, initiativförmåga och ansvarskänsla, samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom positiv attityd och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt

- Erfarenhet av användande av datorkluster.
- Kunskap eller intresse för biomedicinsk forskning.
- Kunskap i programmering med Python.
- Erfarenhet av att utvärdera och analysera data från storskalig DNA-sekvensering och tillhörande applikationer, såsom RNA-seq, sequence capture, WGS, WGBS, RRBS, ChIP-seq, scRNA-seq, etc.
- Kunskaper i svenska.

Du som söker får gärna vara relativt nyutexaminerad.

Ansökan

Ansökan skall innehålla CV samt kopior av examensbevis och betyg. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner och/eller bifogar rekommendationsbrev. Ansökningarna bedöms enligt följande kriterier: lämplig formell utbildning, kunskaper och erfarenhet av bioinformatik, DNA-sekvensering och kommunikation, arbetsprov samt personlig lämplighet.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas

Tillträde: Snarast

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning (vikariat) fram till april 2020. 

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av Pontus Larsson, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 7 juni, 2018, UFV-PA 2019/1668.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se.

Som en del av den nationella infrastrukturen för genomik (National Genomics Infrastructure, NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se), erbjuder SNP&SEQ;-teknologiplattformen nästa generations sekvenseringsteknologi (Next Generation Sequencing, NGS) och SNP-genotypning som en service åt forskare i och utanför Sverige (http://www.sequencing.se).

Vill du jobba inom ett av världens snabbast växande teknikområden? Vi söker nu en vikarierande bioinformatiker till SNP&SEQ;-teknologiplattformen, Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV), biomedicinskt centrum (BMC), Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter

Som bioinformatiker vid SNP&SEQ;-teknologiplattformen arbetar du jämsides med forskare och systemutvecklare i en dynamisk och kreativ miljö vid ett av Europas största sekvenseringscenter. Sekvenseringsinstrument vid plattformen inkluderar Illuminas iSeq-, MiSeq-, och NovaSeq-system.

Bioinformatikerna ansvarar för att hantera och analysera den sekvensdata som produceras vid plattformen. Detta inbegriper bearbetning, kvalitetskontroll, analys och leverans av data till uppdragsgivare. I arbetsuppgifterna ingår även att bidra till utveckling och underhåll av de system som används för detta ändamål, samt att bistå SNP&SEQ;-plattformens forsknings- och utvecklingsgrupp med analys av data inom interna och externa forskningsprojekt.

Kvalifikationskrav

- Civilingenjörsexamen eller motsvarande, gärna med inriktning mot bioinformatik, molekylär bioteknik eller molekylär genomik.
- Erfarenhet av forskningsarbete (t.ex. doktorsexamen) eller annat relevant arbete med inriktning mot bioinformatik.
- Erfarenhet av att analysera data i R, Matlab eller motsvarande.
- Dokumenterad erfarenhet av att utvärdera och analysera data från storskalig DNA-sekvensering och tillhörande applikationer, såsom RNA-seq, sequence capture, WGS, WGBS, RRBS, ChIP-seq, scRNA-seq, etc.
- God vana av att arbeta i Linuxmiljö och av shell skriptning.
- Goda kunskaper i programmering med Python eller Perl.
- Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Vi söker noggranna personer med öga för detaljer, initiativförmåga och ansvarskänsla, samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom positiv attityd och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt

- Erfarenhet av användande av datorkluster.
- Kunskap eller intresse för biomedicinsk forskning.
- Erfarenhet av bioinformatisk metodutveckling.
- Dokumenterad erfarenhet av arbete inom ackrediterad sekvenseringsverksamhet.
- Kunskaper i svenska.

Ansökan

Ansökan skall innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, eventuella publikationer och en kort beskrivning av dina forskningsintressen. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner och/ eller bifogar rekommendationsbrev. Ansökningarna bedöms enligt följande kriterier: lämplig formell utbildning, tidigare erfarenhet av bioinformatik, kommunikation och metodutveckling, arbetsprov samt personlig lämplighet.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas

Tillträde: September 2019

Anställningsform: Vikariat 1 år

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Pontus Larsson, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 31 maj, 2019, UFV-PA 2019/1667.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Visa mindre